肛瘘治疗分为非手术与手术，非手术包括用温水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴每日2-3次每次15-20分钟改善局部血液循环等，急性期伴感染选抗生素要依患者病史、药敏及不同人群（儿童、妊娠期、老年）情况选择；手术中瘘管切开术适低位单纯性肛瘘儿童等，挂线疗法用于高位或复杂性肛瘘可避免肛门失禁，肛瘘切除术适低位单纯性肛瘘各人群需注意术后相关情况。
一、非手术治疗
1.坐浴：使用温水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴，每日2-3次，每次15-20分钟，可改善局部血液循环，减轻炎症水肿，缓解疼痛等症状，适用于肛瘘急性期或作为手术前后的辅助治疗，需注意坐浴温度适宜，避免烫伤，尤其是儿童皮肤娇嫩，水温应严格控制。
2.药物治疗：急性期伴感染时可选用抗生素，如头孢类抗生素等，但需根据患者病史及药敏情况选择，儿童应避免使用可能影响骨骼发育等有禁忌的药物，妊娠期患者需选择对胎儿影响小的抗生素，老年患者用药需关注肝肾功能及药物相互作用。
二、手术治疗
1.瘘管切开术：适用于低位单纯性肛瘘，将瘘管全部切开，依靠肉芽组织生长逐渐愈合。该术式对肛门括约肌损伤较小，儿童低位肛瘘可优先考虑，能减少对其肛门功能发育的影响；妊娠期患者若病情适合，可在充分评估后选择，需权衡手术对妊娠的影响；老年患者身体耐受时可采用，术后需加强创面护理促进愈合。
2.挂线疗法：利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘，适用于高位单纯性肛瘘或复杂性肛瘘。其优点是可避免一次性切断肛管直肠环导致肛门失禁，儿童高位肛瘘可采用此方法保护肛门功能；妊娠期患者需谨慎评估，选择对胎儿影响最小的挂线材料及操作方式；老年患者若肛管直肠环功能尚可，可考虑该术式。
3.肛瘘切除术：适用于低位单纯性肛瘘，直接切除瘘管及周围病变组织后缝合创面。儿童低位单纯性肛瘘可选择该术式，但需注意术后创面愈合情况；妊娠期患者若病情适合，在保证胎儿安全前提下可考虑；老年患者若身体状况允许，可采用，术后需密切观察有无出血、感染等并发症。
