伤寒由伤寒杆菌引起副伤寒由副伤寒甲、乙、丙杆菌引起病原体不同为根本区别，伤寒起病多较缓、有阶梯状体温上升等表现及玫瑰疹，副伤寒甲、乙临床表现似伤寒但较轻，副伤寒丙有类似伤寒样表现外还可呈败血症型伴迁徙性化脓病灶，病原学检测血培养骨髓培养伤寒病程1-2周血培养阳性率高骨髓培养阳性率更高副伤寒类似需鉴定相应病原体，血清学肥达反应伤寒“O”“H”抗体滴度常升高副伤寒甲、乙“H”抗体滴度情况不同，两者均需用敏感抗生素治疗且特殊人群用药各有考量。
一、病原体差异
伤寒由伤寒杆菌（Salmonellatyphi）引起，副伤寒包括副伤寒甲（由副伤寒甲杆菌，SalmonellaparatyphiA）、副伤寒乙（副伤寒乙杆菌，SalmonellaparatyphiB）、副伤寒丙（副伤寒丙杆菌，SalmonellaparatyphiC）所致，病原体种类不同是根本区别。
二、临床表现区别
1.伤寒：起病多较缓，体温呈阶梯状上升，相对缓脉（脉搏增快与体温升高不成比例）较常见，消化道症状如腹胀、便秘多见，约70%-90%患者会出现玫瑰疹（淡红色小斑丘疹，多见于胸腹部）。
2.副伤寒：副伤寒甲、乙临床表现与伤寒相似，但相对较轻；副伤寒丙除有类似伤寒样表现外，还可表现为败血症型，出现迁徙性化脓病灶，如骨、关节、脑膜等部位的化脓性感染。
三、实验室检查差异
1.病原学检测：血培养、骨髓培养是伤寒病原学诊断的重要方法，伤寒患者血培养在病程第1-2周阳性率高，骨髓培养阳性率更高；副伤寒的病原学检测类似，但需针对相应副伤寒病原体进行分离鉴定。
2.血清学检查：肥达反应对伤寒有辅助诊断价值，伤寒患者肥达反应中“O”抗体（伤寒杆菌脂多糖抗体）及“H”抗体（伤寒杆菌鞭毛蛋白抗体）滴度常升高；副伤寒的肥达反应结果有其特点，如副伤寒甲、乙的“H”抗体滴度升高情况与伤寒不同。
四、治疗原则
两者均需选用敏感抗生素治疗，如喹诺酮类药物等，但具体用药需依据病原体药敏结果。特殊人群方面，儿童感染时要密切监测病情变化，因儿童机体免疫力及代谢等与成人不同，需谨慎用药；老年人感染时要考虑其基础疾病对药物代谢及病情进展的影响，用药需权衡利弊；孕妇感染时要选择对胎儿影响小的抗生素，避免使用对胎儿有潜在危害的药物。
