肛瘘病因主要包括肛周脓肿破溃或切开引流后感染灶持续存在炎症反复刺激致管道难愈形成，直肠肛门受外伤或医源性损伤细菌侵入感染可致，结核分枝杆菌、克罗恩病、溃疡性结肠炎等特异性感染累及肛周引发，青少年及中青年因活动量等相对更易患，久坐便秘腹泻等生活方式及有肛周脓肿、直肠肛门损伤、特异性感染病史人群风险高。
一、肛周脓肿破溃或切开引流后形成
肛瘘最常见的病因是肛周脓肿的演变。肛腺感染是引发肛周脓肿的关键，肛腺位于直肠肛管周围，开口于肛窦，因肛窦易受粪便污染引发炎症，炎症蔓延至肛腺，导致肛腺感染，进而形成肛周脓肿。当肛周脓肿自行破溃或经手术切开引流后，脓腔壁逐渐由纤维组织包裹形成管道，即肛瘘。此过程中，感染灶持续存在，炎症反复刺激使管道难以愈合，最终发展为肛瘘。
二、直肠肛门损伤
1.外伤因素：会阴部外来暴力伤、异物损伤等可导致直肠肛门部位组织受损，细菌趁机侵入受损部位引发感染，若感染未能及时控制，可能逐渐发展为肛瘘。例如，骑跨伤导致肛门直肠部位受伤，细菌感染后若处理不当，易形成肛瘘。
2.医源性损伤：如肛门镜检查、直肠指诊等医疗操作时，若操作不当造成直肠肛门黏膜或组织损伤，细菌可经损伤处侵入，引发感染，进而形成肛瘘。
三、特异性感染
1.结核分枝杆菌感染：结核杆菌可累及肛周组织，引发结核性炎症，炎症持续发展可破坏肛周组织，形成肛瘘。此类肛瘘通常病程较长，且治疗相对复杂，与一般非特异性感染所致肛瘘在表现及治疗上有所不同。
2.克罗恩病：克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛周时，肠道炎症蔓延至肛周组织，引起感染、脓肿形成，最终发展为肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘具有复发率高、治疗难度较大等特点。
3.溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠黏膜，当炎症蔓延至直肠肛管周围组织时，可引发感染，进而导致肛瘘形成。患者多伴有溃疡性结肠炎的典型表现，如腹泻、黏液脓血便等，同时合并肛瘘症状。
四、其他相关因素
年龄方面，任何年龄段均可发病，但青少年及中青年由于活动量较大、肛周组织代谢活跃等因素，相对更易患肛瘘；生活方式上，久坐、便秘、腹泻等可影响肛周局部血液循环及卫生状况，增加肛周感染风险，从而诱发肛瘘；有肛周脓肿病史、直肠肛门损伤史、特异性感染病史等人群，其发生肛瘘的风险显著高于普通人群。
