肛瘘有多种症状，瘘外口间断流脓，分泌物刺激致瘙痒、可引发湿疹，平时一般不痛，感染或流脓不畅时会痛，部分患者可摸到肿块，无急性炎症时全身症状不明显，反复发作成复杂性肛瘘会有消瘦等全身症状，不同年龄、性别患者症状表现及受影响情况有差异，生活方式等也会影响症状。
这是肛瘘最主要的症状之一。外口会间断性地流出少量脓性、血性、黏液性分泌物。分泌物的量会因瘘管的大小、长短而有所不同。一般来说，新生成的肛瘘流脓较多，分泌物刺激皮肤可引起瘙痒，若外口暂时封闭，脓液积存，局部会出现红肿疼痛，体温可略有升高，封闭的外口破溃后，又会有脓液流出。不同年龄、性别患者可能在症状表现上无明显性别差异，但儿童肛瘘患者可能因肛瘘刺激肛周皮肤，导致搔抓等行为，影响生活质量；成年人肛瘘患者则可能因工作等原因，对生活和工作有一定影响。生活方式方面，长期久坐、不注意肛周卫生等可能导致肛瘘症状加重，有肛瘘病史的患者若不注意肛周清洁，更容易出现外口流脓等症状反复。
疼痛
一般情况下肛瘘平时疼痛不明显。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。疼痛程度不一，可为胀痛、刺痛等。疼痛可在行走、坐立等活动时加重，尤其是在急性感染期。对于不同年龄的患者，儿童可能因无法准确表达疼痛，表现为哭闹不安等；成年人则能较准确描述疼痛的性质和程度。女性患者在生理期等特殊时期，身体抵抗力相对下降，肛瘘疼痛可能会相对更明显；男性患者若从事重体力劳动等，可能因活动等因素导致疼痛加剧。
瘙痒
由于肛瘘外口流出的分泌物刺激肛周皮肤，患者会感到肛周皮肤瘙痒，常可导致肛周皮肤湿疹样改变。瘙痒症状可影响患者的日常生活和休息，尤其在夜间可能更为明显。不同年龄患者中，儿童肛瘘患者肛周皮肤较为娇嫩，分泌物刺激更易引起强烈瘙痒，可能会不断搔抓肛周皮肤，加重局部损伤和感染风险；成年人则可能因瘙痒影响睡眠和工作状态。生活方式上，若患者经常出汗、不注意肛周清洁等，会加重瘙痒症状。
肿块
部分患者可在肛周摸到肿块，这是因为瘘管周围炎症刺激形成的硬结。肿块的大小、质地等因个体差异和病情不同而有所差异。对于有肛瘘病史且近期出现肿块增大、疼痛加剧等情况的患者，需要警惕肛瘘急性感染等情况。在不同性别中，一般无明显性别差异，但女性患者若同时合并妇科疾病等，可能会因身体整体状况影响对肛瘘肿块的判断；男性患者若有长期吸烟、饮酒等不良生活方式，可能会影响肛瘘肿块的恢复等。
全身症状
一般肛瘘若无急性炎症时，全身症状不明显。当肛瘘反复发作，形成复杂性肛瘘时，可出现消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。儿童患者若长期存在肛瘘相关全身症状，可能会影响生长发育；成年人则可能因全身状况不佳，导致工作和生活受到较大影响。生活方式不健康、有基础疾病等因素可能会加重肛瘘患者的全身症状，例如长期熬夜、营养不良的患者，更容易出现全身状况变差的情况。
