息肉可通过内镜下形态、组织病理学及其他辅助检查鉴别。内镜下隆起型息肉分炎性和腺瘤性等，扁平型息肉需细观黏膜；组织病理学中炎性息肉有炎症细胞浸润，腺瘤性息肉分类型且与年龄等有关，增生性息肉是腺体修复性改变；超声内镜可了解起源层，幽门螺杆菌检测对息肉鉴别有提示意义，不同人群在息肉发生相关因素上有差异
一、内镜下形态鉴别
1.隆起型息肉：内镜下表现为黏膜表面向腔内突出的隆起，可为球形、半球形等。根据其质地等情况又可细分，如炎性隆起型息肉多边界较清，表面可能较光滑，一般是由于炎症刺激导致局部黏膜增生，在炎症得到控制后部分可能缩小或消失；而腺瘤性隆起型息肉边界相对清晰，表面可能有分叶等表现，腺瘤有一定恶变倾向，通过内镜下观察形态特点可初步提示可能的性质差异。不同年龄人群发生不同性质隆起型息肉的概率有差异，比如老年人群中腺瘤性息肉相对更易出现。
2.扁平型息肉：黏膜表面平坦或轻微隆起，这类息肉有时更易被忽视，其内镜下特征需要仔细观察黏膜色泽、纹理等情况，与周围黏膜对比。不同生活方式人群发生扁平型息肉的风险可能不同，比如长期高盐、高脂饮食人群可能相对更易出现此类息肉。
二、组织病理学鉴别
1.炎性息肉：病理表现为黏膜组织的炎性增生，可见大量炎症细胞浸润，如淋巴细胞、浆细胞等，腺体排列相对规则，一般无明显异型性。在病史方面，如果有长期胃部炎症病史的人群出现炎性息肉的概率相对较高，不同年龄阶段都可能发生，儿童若有幽门螺杆菌感染等情况也可能引发炎性息肉。
2.腺瘤性息肉：分为管状腺瘤、绒毛状腺瘤及管状绒毛状腺瘤等。管状腺瘤镜下主要是腺管排列，细胞有一定异型性但相对较轻；绒毛状腺瘤则以绒毛状结构为主，细胞异型性相对更明显，恶变潜能相对较高。腺瘤性息肉的发生与年龄有一定关系，随着年龄增长发生概率有上升趋势，有家族性腺瘤性息肉病家族史的人群属于高危人群，发病年龄可能相对较早。
3.增生性息肉：病理上主要是腺体的增生，腺体排列不规则，有锯齿状改变等，细胞一般无明显异型性，多数认为是修复性改变引起。不同生活方式中，吸烟、酗酒等不良生活方式可能增加增生性息肉的发生风险，各年龄阶段均可出现。
三、其他辅助检查鉴别
1.超声内镜检查：可了解息肉起源于哪一层组织，比如是起源于黏膜层还是黏膜下层等，对于判断息肉的性质有一定帮助。对于老年人群进行超声内镜检查时要考虑其身体基础状况，如是否有心血管疾病等影响检查的耐受性。儿童进行超声内镜检查需特别谨慎，要在充分评估风险后进行。
2.幽门螺杆菌检测：因为幽门螺杆菌感染与胃部多种病变相关，包括部分息肉的发生。检测幽门螺杆菌可以通过尿素呼气试验等方法，若幽门螺杆菌阳性，对于息肉的鉴别诊断有一定提示意义，比如炎性息肉与幽门螺杆菌感染相关性较密切，而部分腺瘤性息肉可能也与幽门螺杆菌感染有一定关联，不同性别在幽门螺杆菌感染率上可能有一定差异，但对息肉鉴别诊断的影响主要是基于感染状态与息肉发生的关联。
