甲状腺炎不治疗会出现症状持续或加重、引发甲状腺功能异常相关并发症、导致甲状腺结构变化等情况，不同类型甲状腺炎不治疗有差异，特殊人群受影响更特殊，如妊娠期女性、儿童患者、老年患者不治疗都有各自严重危害。
甲状腺功能异常相关并发症
甲状腺功能减退相关并发症：长期甲状腺功能减退若不治疗，可能会影响心血管系统，导致心率减慢、心输出量减少、血脂异常等，增加冠心病等心血管疾病的发生风险；还会影响消化系统，出现便秘等问题；对神经系统的影响可能进一步加重记忆力减退等认知功能障碍；对于儿童患者，甲状腺功能减退不治疗会严重影响生长发育，导致身材矮小、智力发育迟缓等。
甲状腺功能亢进相关并发症：像亚急性甲状腺炎在病情发展过程中可能会短暂出现甲状腺功能亢进表现，如心悸、多汗、手抖等，若不治疗，严重的甲状腺功能亢进可能引发甲状腺危象，这是一种非常危险的情况，会出现高热、大汗淋漓、心动过速、烦躁不安等症状，危及生命；对于妊娠期女性，甲状腺功能亢进不治疗还可能影响胎儿的生长发育，导致胎儿发育迟缓、早产等。
甲状腺结构变化：某些甲状腺炎不治疗可能导致甲状腺组织进一步受损，例如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎），随着病情进展，甲状腺组织会被大量淋巴细胞浸润，逐渐出现纤维化，甲状腺质地变硬，肿大可能持续存在甚至加重，影响颈部外观和正常的吞咽、呼吸等功能，对于一些颈部外观较为在意的患者，会造成较大的心理压力。
不同类型甲状腺炎不治疗的差异情况
桥本甲状腺炎：起病隐匿，进展缓慢，初期甲状腺功能可能正常，若不治疗，数年后约50%的患者会发展为甲状腺功能减退。儿童时期的桥本甲状腺炎若不治疗，会严重影响生长激素的分泌和作用，阻碍骨骼的生长和发育，导致身高明显低于同龄人，同时影响智力的正常发育，使儿童的认知能力、学习能力等受到不良影响。
亚急性甲状腺炎：通常由病毒感染引起，一般病程数周~数月。如果不治疗，甲状腺疼痛和发热等症状可能会持续数周，部分患者可能会出现甲状腺功能的短暂异常波动，但也有少数患者甲状腺功能可自行恢复正常；然而，也有部分患者会遗留甲状腺功能减退的情况，需要长期进行甲状腺激素替代治疗。
产后甲状腺炎：发生在产后的甲状腺炎症，若不治疗，约有50%的患者会出现暂时性甲状腺功能减退，一般持续数月可自行恢复，但也有少数患者会发展为永久性甲状腺功能减退；对于有再次妊娠计划的女性，产后甲状腺炎不治疗可能会在下次妊娠时增加甲状腺功能异常复发的风险，影响母婴健康。
特殊人群甲状腺炎不治疗的特殊影响
妊娠期女性：妊娠期发生甲状腺炎若不治疗，对胎儿和母亲都有较大危害。对于胎儿，可能导致胎儿脑发育所需的甲状腺激素供应不足，影响胎儿的神经系统发育，使胎儿出生后智力水平降低；还可能增加胎儿早产、流产、低体重儿等的发生风险。对于母亲，可能会加重甲状腺功能异常相关的症状，如甲状腺功能亢进时的心悸等症状会更严重，甲状腺功能减退时会出现更明显的乏力、畏寒等表现，同时还可能影响母亲的心理健康，增加产后抑郁的发生几率。
儿童患者：儿童甲状腺炎不治疗的影响更为突出。在生长发育方面，甲状腺激素对儿童的骨骼生长、身高增长以及性发育等都至关重要，甲状腺炎不治疗导致的甲状腺功能异常会严重阻碍儿童正常的生长发育进程，使儿童身材矮小、第二性征发育迟缓等；在智力发育上，甲状腺激素缺乏会影响儿童大脑的正常发育，导致智力水平低于同龄人，学习能力下降，对儿童的未来生活和学习造成长期的不良影响。
老年患者：老年甲状腺炎患者不治疗时，甲状腺功能异常可能引发更严重的并发症。甲状腺功能减退时，老年患者可能出现黏液性水肿昏迷，这是一种非常危险的情况，死亡率较高；甲状腺功能亢进时，老年患者更容易出现心血管系统的严重并发症，如心房颤动、心力衰竭等，因为老年患者的心脏储备功能较差，甲状腺功能异常对心脏的影响更为显著。
