肛瘘一般无法自愈，几乎均需手术治疗，未经治疗可反复发作、加重。
肛瘘由内口、瘘管、外口三部分组成，内口多位于直肠末端，外口在肛周皮肤，瘘管连通两者。其形成多因肛周脓肿破溃或切开后引流不畅，导致感染持续存在。由于瘘管内常有粪便、细菌残留，且直肠内压力可使肠内容物不断进入瘘管，刺激局部炎症反复，加之瘘管可能形成分支，自行闭合概率极低。
如果不治疗，可出现外口暂时闭合后再次破溃流脓，反复发作，甚至形成复杂性肛瘘，增加治疗难度。因此，一旦确诊肛瘘，应尽早手术（如肛瘘切开术、挂线疗法），以彻底清除病灶，避免病情进展。
