复杂性肛瘘相对严重，因其瘘管数量多、走行复杂，常存在多个内口或外口，治疗难度远高于单纯性肛瘘。
患者会反复出现肛门周围肿痛、流脓，分泌物刺激皮肤可引起瘙痒、湿疹，严重影响日常生活和睡眠。若长期不愈，可能导致肛门周围组织纤维化，影响肛门功能，甚至出现肛门失禁的风险。此外，复杂性肛瘘还可能引发肛周脓肿反复发作，感染扩散时可导致全身症状，如发热、乏力等。少数情况下，慢性炎症长期刺激可能增加恶变风险，虽概率较低，但需警惕。
一旦确诊复杂性肛瘘，应及时到正规医院肛肠科就诊，避免拖延导致病情加重。治疗后需遵医嘱定期复查，做好局部护理，防止复发。若出现突发剧烈疼痛、大量出血或发热，需立即就医处理。
