通常情况下，怀孕后桥本甲减不会自愈。
桥本甲状腺炎是自身免疫性疾病，免疫系统对甲状腺的破坏是持续存在的，怀孕并不能纠正这种免疫异常。不过，孕期甲状腺功能可能会出现一定的波动。在孕早期，由于绒毛膜促性腺激素的升高，它有类似促甲状腺激素的作用，可能会使甲状腺激素水平短暂升高，促甲状腺激素水平下降，让部分患者感觉症状有所缓解，但这并不意味着疾病自愈。
若孕期病情控制不佳，会增加孕妇患妊娠期高血压、贫血、胎盘早剥等疾病的风险，还可能影响孕妇的心理健康，导致抑郁等情绪问题。甲状腺激素对胎儿的神经系统发育至关重要。孕妇甲状腺激素不足，可能会影响胎儿的智力和身体发育，增加早产、流产、低体重儿等不良妊娠结局的发生风险。
患者一旦发现怀孕，应立即检测甲状腺功能，并在孕期定期复查，一般孕早期每2-4周检查一次，孕中晚期每4-6周检查一次。根据甲状腺功能结果调整药物剂量。
