临床上并没有关于肛瘘的治疗用什么药最好的详细说明，肛瘘常用的药物包括莫匹罗星软膏、康复新液、吲哚美辛栓、重组人表皮生长因子凝胶、乳果糖口服溶液等。
1、莫匹罗星软膏
莫匹罗星软膏为外用抗生素，直接涂抹于肛瘘外口及周围皮肤，可有效抑制金黄色葡萄球菌等常见致病菌，减轻局部红肿、疼痛，预防感染扩散，尤其适用于急性发作期或术后创面护理。
2、康复新液
康复新液含多种氨基酸及活性成分，既可外用湿敷瘘管周围皮肤，促进炎症消退和创面愈合，也可口服改善肠道微环境。坐浴时稀释后使用，能加速瘘管闭合，减少分泌物渗出。
3、吲哚美辛栓
吲哚美辛栓为非甾体抗炎栓剂，塞入肛门后药物直接作用于肛管黏膜，通过抑制前列腺素合成缓解肛瘘引起的坠胀、疼痛，尤其适合内口位置较深或合并痔疮的患者。
4、重组人表皮生长因子凝胶
重组人表皮生长因子凝胶可促进细胞增殖分化，涂抹于瘘管内口或术后创面，能加速上皮修复，缩短愈合时间，减少瘢痕形成，常用于复杂肛瘘术后辅助治疗。
5、乳果糖口服溶液
乳果糖口服溶液通过调节肠道菌群、软化大便，减少排便时对肛瘘的摩擦刺激，预防便秘诱发的感染加重。需根据大便性状调整剂量，保持肠道通畅。
肛瘘药物需根据病情阶段选择，若出现肛周流脓增多、疼痛加剧或发热，提示感染加重或形成脓肿，应立即就医。长期不愈的肛瘘需通过手术彻底清除内口及瘘管，避免反复感染引发肛周脓肿或癌变风险，日常需保持肛周清洁干燥。
