黑痣癌变分为侵袭前阶段和侵袭阶段，侵袭前阶段含发育不良痣阶段（黑痣细胞现形态异常、基因表达现恶性转化相关改变）与原位癌阶段（黑痣细胞累及表皮全层、具原位癌典型组织学特征），侵袭阶段早期侵袭是癌细胞突破基底膜向真皮浅层浸润、基质金属蛋白酶表达上调，中晚期侵袭为肿瘤细胞向深层浸润、可侵犯血管淋巴管、转移相关基因异常、临床有症状且影像学可发现浸润转移。
一、侵袭前阶段
（一）发育不良痣阶段
黑痣细胞出现形态学异常，如细胞大小不一、核大且深染、核分裂象增多等，此阶段黑痣的结构和细胞形态开始偏离正常，可能预示着潜在的恶性转化风险，相关研究表明发育不良痣中细胞的基因表达谱已出现与恶性转化相关的改变，如某些癌基因的异常激活等。
（二）原位癌阶段
黑痣细胞已累及表皮全层，形成原位恶性肿瘤，但尚未突破基底膜向真皮层浸润。此时在组织学上可见黑痣细胞在表皮内呈不规则增生，占据表皮全层，细胞异型性进一步加重，根据国际癌症研究机构的相关分类标准，此阶段的黑痣已具备原位癌的典型组织学特征，如细胞排列紊乱、极性消失等。
二、侵袭阶段
（一）早期侵袭阶段
癌细胞开始突破基底膜，向真皮浅层浸润生长。在显微镜下可见癌细胞巢或单个癌细胞突破基底膜进入真皮，此阶段肿瘤细胞的侵袭能力开始显现，相关分子生物学研究发现此阶段涉及一些基质金属蛋白酶等的表达上调，这些酶有助于肿瘤细胞降解基底膜和周围基质，促进肿瘤的侵袭过程。
（二）中晚期侵袭阶段
随着病情进展，肿瘤细胞进一步向深层组织浸润，可能侵犯周围的血管、淋巴管等，进而发生远处转移。此阶段肿瘤的侵袭范围扩大，临床可表现为黑痣周围组织出现红肿、疼痛等症状，通过影像学检查（如CT、MRI等）可发现肿瘤向周围组织及远处器官的浸润转移情况，分子生物学研究显示此阶段肿瘤细胞的转移相关基因表达明显异常，如某些促转移因子的高表达等。
