脑脑炎早期神经系统症状有头痛需与普通偏头痛等鉴别、意识改变与单纯睡眠情绪因素导致不同、有癫痫发作先兆与原发性癫痫区别；全身症状有发热需与普通感染性发热鉴别、乏力与单纯疲劳综合征区别、肌肉酸痛与运动过量不同；不同人群中儿童有拒食等表现需与普通消化不良鉴别、成人头痛意识改变突出需与紧张性头痛等鉴别、有基础病史人群症状不典型需与基础病本身加重鉴别。
一、神经系统早期症状表现及鉴别
1.头痛：脑脑炎患者早期常出现头痛，多为持续性胀痛或跳痛，程度可轻可重，部分患者头痛会随病情进展加重，需与普通偏头痛等鉴别，普通偏头痛多有反复发作史，疼痛特点相对较有规律，而脑脑炎引起的头痛常伴随其他神经系统异常表现。
2.意识改变：儿童患者可能表现为嗜睡、易激惹，年龄稍大儿童可出现烦躁不安、精神萎靡等；成人则可能出现反应迟钝、定向力障碍等，若出现进行性意识障碍加重，需高度警惕脑脑炎，与单纯睡眠不足或情绪因素导致的意识短暂改变不同，后者去除诱因后意识可迅速恢复。
3.癫痫发作先兆：部分脑脑炎患者早期可能出现癫痫发作前驱症状，如肢体麻木、刺痛感等，与原发性癫痫不同，原发性癫痫多无明确感染相关诱因，而脑脑炎相关癫痫发作先兆常伴随感染相关的全身表现。
二、全身早期症状表现及鉴别
1.发热：多数脑脑炎患者早期会出现发热，体温可在37.5℃~40℃不等，可为低热起病逐渐进展为高热，需与普通感染性发热鉴别，普通感染性发热多有局部感染灶表现，如呼吸道感染有咳嗽、流涕等，而脑脑炎发热常伴随神经系统症状逐渐显现。
2.乏力：患者常感全身乏力，活动耐力明显下降，区别于单纯疲劳综合征的乏力，后者多无明确感染相关依据，且脑脑炎相关乏力常与发热、神经系统症状伴随出现。
3.肌肉酸痛：部分患者会有肌肉酸痛，以四肢肌肉为主，与运动过量导致的肌肉酸痛不同，运动过量肌肉酸痛多有明确运动史，休息后可较快缓解，而脑脑炎相关肌肉酸痛常伴随发热及神经系统症状，且持续不缓解或随病情进展加重。
三、不同人群早期症状特点差异
1.儿童群体：儿童脑脑炎早期除上述神经系统及全身症状外，还可能出现拒食、前囟饱满（婴幼儿）等表现，前囟饱满是婴幼儿脑内压力变化的重要体征，需与普通消化不良导致的拒食鉴别，普通消化不良拒食多无神经系统体征伴随。
2.成人群体：成人脑脑炎早期头痛、意识改变相对突出，需注意与紧张性头痛、神经衰弱等疾病鉴别，紧张性头痛多无发热及明显神经系统阳性体征，而脑脑炎有相应感染及神经系统异常表现。
3.有基础病史人群：有免疫缺陷病史人群患脑脑炎时，早期症状可能不典型，发热及神经系统症状可能相对隐匿，需密切监测，因免疫缺陷者感染后病情进展可能更迅速，要与基础病本身导致的症状加重相鉴别。
