先兆流产原因包括胚胎因素中精子或卵子染色体异常等致胚胎发育异常，母体因素的内分泌异常如黄体功能不全等、生殖器官异常如子宫畸形等、全身性疾病如严重感染等、免疫功能异常如自身免疫性疾病等，父亲因素的精子染色体异常等，环境因素的孕妇过多接触有害化学物质等、长期高辐射、不良生活方式如过度吸烟酗酒等所致。
一、胚胎因素
染色体异常是早期先兆流产最常见原因，约占50%-60%。精子或卵子染色体异常可致胚胎染色体数目或结构异常，影响胚胎正常发育，例如精子或卵子形成过程中受辐射、化学物质等因素影响，染色体畸变使胚胎无法正常着床与发育。
二、母体因素
（一）内分泌异常
黄体功能不全较为常见，黄体分泌孕酮维持妊娠，若黄体功能不足致孕酮分泌减少，无法满足胚胎着床发育需求，约30%-40%先兆流产与之相关；甲状腺功能减退时，甲状腺激素水平异常干扰胚胎正常生长发育，增加先兆流产风险。
（二）生殖器官异常
子宫畸形如纵隔子宫、单角子宫等，影响子宫腔形态与容积，致胚胎着床发育环境异常；宫腔粘连也不利于胚胎着床，易引发先兆流产。
（三）全身性疾病
孕妇患严重感染性疾病（如败血症），病原体毒素或炎症反应影响子宫内环境；糖尿病血糖控制不佳时，高血糖环境干扰胚胎代谢发育；严重贫血致母体全身缺氧，影响胎盘血液供应，进而影响胚胎发育，均易引发先兆流产。
（四）免疫功能异常
自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮）患者体内自身抗体攻击胎盘组织，影响胎盘功能；同种免疫异常致母体对胚胎产生排斥反应，常见于反复自然流产患者，母体免疫系统误将胚胎视为外来异物攻击，引发流产。
三、父亲因素
精子染色体异常可致胚胎染色体异常，引发先兆流产。长期接触放射性物质、化学毒物等的男性，精子质量下降、染色体异常概率增加，使配偶先兆流产风险升高。
四、环境因素
孕妇过多接触有害化学物质（如甲醛、苯、农药等），可通过胎盘影响胚胎发育；长期处于高辐射环境（如接受过量医疗辐射或生活在辐射污染区域），可致胚胎染色体受损，引发先兆流产。另外，不良生活方式如过度吸烟、酗酒，尼古丁和酒精等有害物质影响胚胎正常发育；过度劳累、长期精神紧张焦虑通过神经内分泌系统影响子宫收缩，均易导致先兆流产发生。
