肛门疣主要由低危型HPV感染引起，传播途径包括性传播（为主要途径，性活跃期青壮年及有多个性伴侣、不安全性行为者风险高）和少数间接接触传播；自身因素中，免疫力低下（如患恶性肿瘤、器官移植后用免疫抑制剂、艾滋病患者）及肛门周围皮肤黏膜破损（如有肛肠疾病）会增加感染HPV患肛门疣的风险。
一、人乳头瘤病毒（HPV）感染是主因
肛门疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，其中低危型HPV，如HPV-6型、HPV-11型等是引发肛门疣的常见类型。HPV病毒可通过皮肤或黏膜的微小破损进入上皮细胞内，尤其是基底细胞，并在细胞内复制、增殖，导致上皮细胞异常分化和增生，从而形成肛门疣样病变。
（一）传播途径相关影响
1.性传播：这是肛门疣最主要的传播途径。在性行为过程中，皮肤与皮肤、黏膜与黏膜的直接接触，使得HPV有机会从感染者传播给健康者。对于有多个性伴侣、不安全性行为的人群，感染HPV引发肛门疣的风险显著增加。从年龄角度看，性活跃期的青壮年由于性行为相对频繁，相比其他年龄段更容易通过性传播感染HPV进而患上肛门疣。
2.间接接触传播：少数情况下可通过接触被HPV污染的物品而感染，比如共用毛巾、浴盆等。但这种传播方式相对性传播来说概率较低，不过对于免疫力较低的人群，如患有免疫缺陷疾病（如艾滋病患者）或长期使用免疫抑制剂的人群，即使是间接接触也可能增加感染风险。
二、自身因素的影响
1.免疫力状况：人体的免疫系统是抵御HPV感染的重要防线。当机体免疫力低下时，如患有恶性肿瘤、接受器官移植后长期使用免疫抑制药物、艾滋病患者免疫系统严重受损等情况，身体对HPV的清除能力减弱，就更容易感染HPV并发展为肛门疣。例如，艾滋病患者由于CD4+T淋巴细胞计数明显降低，免疫系统功能严重受损，其感染HPV后发生肛门疣的概率远高于正常人。
2.皮肤黏膜状态：肛门周围皮肤黏膜的完整性如果遭到破坏，比如有肛裂、痔疮等肛肠疾病导致皮肤黏膜破损，那么HPV就更容易侵入上皮细胞引发感染。有肛肠疾病病史的人群，相比皮肤黏膜完整的人群，感染HPV患肛门疣的风险更高。从性别方面来看，男性和女性在肛门周围皮肤黏膜状态上可能因生理结构等因素有一定差异，但总体而言，皮肤黏膜的破损都是增加感染风险的因素。
