先天性肥厚性幽门狭窄的病因有遗传因素、神经发育异常、激素调节失衡、环境因素等。
1.遗传因素
该病为多基因遗传病，若父母有本病史，子代发病率可高达7%左右，且母亲有本病史的子代发病机会高于父亲。约20%-30%的病例有家族史，遗传基因可能导致幽门肌层发育调控失常，引发幽门肌过度增生肥厚。
2.神经发育异常
幽门部位的神经支配在胚胎发育过程中出现问题，如神经纤维分布紊乱、神经递质失衡，会干扰幽门平滑肌正常舒张与收缩，促使幽门肌层肥厚，造成幽门狭窄。
3.激素调节失衡
孕期母体激素水平波动或新生儿自身激素分泌异常，如胃泌素、前列腺素等激素分泌紊乱，可刺激幽门肌层过度生长，最终导致幽门管腔狭窄。
4.环境因素
孕期母体接触某些有害物质，如药物、化学物质等，可能影响胎儿幽门部发育；出生后新生儿所处环境不佳，如感染等，也可能诱发幽门肌层肥厚。
