生化妊娠会出现阴道出血、腹痛、血人绒毛膜促性腺激素（hCG）变化异常等症状。
1、阴道出血
生化妊娠时可能出现阴道少量出血，通常出血量比正常月经少，颜色可能为暗红色或褐色。这是因为受精卵着床失败后，子宫内膜发生剥脱出血。
2、腹痛
部分女性可能出现轻微下腹部隐痛或胀痛。这是由于受精卵着床失败后，子宫收缩试图排出宫内的妊娠相关组织。年龄较小的女性生殖系统功能相对不够成熟，对子宫收缩的耐受程度可能不同；有盆腔炎等病史的女性，本身盆腔处于相对敏感状态，生化妊娠时腹痛可能更明显。生活方式中久坐、缺乏运动可能导致盆腔血液循环不畅，加重腹痛感觉。
3、血人绒毛膜促性腺激素（hCG）变化异常
正常受孕后hCG会隔日翻倍增长，而生化妊娠时hCG上升不明显或增长缓慢，之后会逐渐下降。不同年龄女性的基础hCG水平有差异，年轻女性生殖内分泌功能相对稳定，若出现hCG增长异常更需重视；有内分泌疾病病史的女性，本身内分泌调节紊乱，hCG变化可能更易出现异常。生活方式中吸烟、酗酒等不良习惯会影响内分泌及生殖系统功能，干扰hCG的正常变化。
另外，生化妊娠可能导致月经周期出现波动，如月经提前或推迟。年龄较大的女性卵巢功能逐渐衰退，月经周期本身相对不稳定，生化妊娠后月经周期改变可能更明显。
