先天性心脏病有一定遗传倾向但非绝对遗传病，染色体异常、单基因遗传可致其发生，母体感染、接触有害物质及父母不良生活方式等环境因素协同影响，有家族史人群后代患病风险升高，孕期有家族史孕妇需密切产检，婴儿怀疑患病应及时检查。
遗传因素的影响
染色体异常相关：某些染色体数目或结构的异常与先天性心脏病的发生密切相关。例如21-三体综合征（唐氏综合征），约50%的患儿合并先天性心脏病，其21号染色体多了一条，这种染色体层面的异常是遗传物质改变导致的，使得胎儿在心脏发育过程中出现结构异常的风险大大增加。
单基因遗传相关：部分先天性心脏病是由单个基因突变引起的单基因遗传病。比如编码心肌细胞离子通道蛋白的基因发生突变，可能会导致心脏电生理活动异常，进而引发先天性心脏病。研究发现，一些特定的单基因缺陷会影响心脏胚胎发育过程中的关键信号通路，使得心脏的正常结构形成受阻。
环境因素的协同作用
母体因素：母亲在妊娠早期如果受到病毒感染，如风疹病毒感染，病毒可以通过胎盘影响胎儿心脏的发育，增加胎儿患先天性心脏病的风险。另外，母亲妊娠期间接触某些有害物质，像酒精、某些药物（如抗肿瘤药物等），也会干扰胎儿心脏的正常发育，即使没有遗传易感性的个体，在不良环境因素影响下也可能患上先天性心脏病。
其他因素：父母的生活方式也可能对胎儿心脏发育产生影响，例如父亲长期接触放射性物质等，可能会导致精子质量下降，增加胎儿发生先天性心脏病的几率。
对于有先天性心脏病家族史的人群，其后代患先天性心脏病的风险较普通人群有所升高，但不是一定会发病。在孕期，有家族史的孕妇需要更加密切地进行产前检查，如超声心动图等检查，以便早期发现胎儿心脏结构异常情况。同时，孕妇要尽量避免接触不良环境因素，以降低胎儿患先天性心脏病的风险。对于已经出生的婴儿，若怀疑有先天性心脏病，应及时进行相关检查，如心脏超声等，以便早期诊断和治疗。
