尿道口息肉的引起原因包括局部慢性刺激（如绝经后女性因雌激素水平下降、老年男性因排尿不畅等的炎症、摩擦等慢性刺激，以及尿道炎等泌尿系统炎症刺激）、激素水平变化（雌激素相关及其他激素可能的协同间接作用）、局部组织增生异常（细胞增殖与凋亡失衡、遗传易感性）。
年龄与性别因素：多见于绝经后女性，这与绝经后体内雌激素水平显著下降有关，雌激素水平降低会使尿道黏膜下的支持组织变薄、弹性降低等，加上尿道局部容易受到炎症、摩擦等慢性刺激，就容易引发息肉。老年男性也可能因前列腺增生等导致排尿不畅，长期慢性排尿刺激尿道口，也有诱发尿道口息肉的可能。
炎症刺激：长期的尿道炎等泌尿系统炎症，炎症因子持续刺激尿道口黏膜，可导致黏膜上皮、间质等异常增生，从而形成息肉。例如，女性由于尿道短而直，更容易受到外界细菌等病原体侵袭引发尿道炎，如果炎症反复不愈，就增加了尿道口息肉的发生风险。
激素水平变化
雌激素相关：如前面所说，绝经后女性雌激素水平大幅下降，尿道黏膜失去雌激素的支持和营养作用，局部组织代谢等发生改变，黏膜下血管扩张、通透性增加，组织增生形成息肉。在一些年轻女性中，如果体内雌激素水平出现异常波动，也可能因激素影响导致尿道口黏膜异常增生形成息肉。
其他激素影响：虽然雌激素是主要相关激素，但也不排除其他激素在尿道口息肉形成中起到一定协同或间接作用，不过目前研究相对集中在雌激素方面。
局部组织增生异常
细胞增殖与凋亡失衡：正常情况下尿道口黏膜组织的细胞增殖和凋亡处于动态平衡状态。当某些因素导致这种平衡被打破，细胞增殖过度而凋亡减少时，就会出现组织的异常增生，进而形成息肉。例如，局部长期受刺激可能激活某些生长因子，促使黏膜细胞过度增殖。
遗传易感性：有研究提示，部分人群可能存在与尿道口息肉形成相关的遗传易感性基因，使得这类人群相对更容易在上述各种因素作用下发生尿道口息肉，但目前相关具体遗传机制还在进一步研究中。
