沙眼衣原体性尿道炎潜伏期1-3周，男性起病缓，有尿道刺痒、尿痛、尿道分泌物，不及时治可致附睾炎；女性尿道症状不典型，宫颈有炎症表现，不及时治可致盆腔炎等并发症，不同人群症状有差异，高危生活方式人群出现相关症状需警惕。
男性症状
尿道不适：
起病相对较缓慢，早期可出现尿道刺痒，程度轻重不一，部分患者感觉像蚂蚁爬行的轻微不适感，这是因为衣原体感染刺激尿道黏膜引起。
随后可出现尿痛，疼痛程度可轻可重，排尿时尿道有灼热样疼痛，部分患者疼痛较为明显，影响正常排尿。
尿道分泌物：多数患者有尿道分泌物，分泌物量一般较少，呈浆液性或稀薄脓性，晨起时可发现尿道口有少量黏液性分泌物，表现为尿道口轻度红肿，分泌物糊住尿道口，即所谓“糊口”现象。
并发症表现：若未及时有效治疗，可能引发附睾炎等并发症，表现为附睾肿大、疼痛，阴囊部位有坠胀感，触摸附睾时可感觉到质地变硬、有压痛等。
女性症状
尿道症状：
部分女性患者尿道症状相对不典型，可能仅有轻度尿道不适，如尿道轻微瘙痒、灼热感等，容易被忽视。
也有部分女性会出现尿痛，排尿时尿道有刺痛感，同时可能伴有尿道分泌物，分泌物一般比男性少，呈稀薄状。
宫颈部位表现：女性主要感染部位在宫颈，可出现宫颈炎症表现，如宫颈充血、水肿，有黏液性分泌物，部分患者宫颈分泌物增多，检查时可见宫颈有糜烂样改变等。
并发症表现：女性若病情迁延不愈，可能引发盆腔炎等并发症，出现下腹部疼痛、坠胀，尤其在性交后或月经期间疼痛可加重，还可能伴有发热、白带增多且性状改变等情况，严重时会影响生育功能，导致输卵管粘连、堵塞等，进而引起不孕或宫外孕等不良后果。
不同年龄、性别、生活方式的人群感染沙眼衣原体性尿道炎后症状可能有一定差异，例如年轻性生活活跃人群相对更易感染且症状可能更典型一些；而老年人由于机体抵抗力相对较弱，可能症状表现相对不典型，但一旦感染也需要及时重视。有不洁性生活史等高危生活方式的人群出现上述相关症状时更要警惕沙眼衣原体性尿道炎的可能。
