胎儿室间隔缺损的发生与多种因素有关，包括遗传因素（染色体异常、父母遗传物质异常等）、母体因素（感染、药物、不良生活方式、基础疾病等）以及其他因素（环境因素、胚胎发育偶然因素等）。
母体因素
感染因素：孕期尤其是妊娠早期孕妇感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等。孕妇在妊娠前3个月内感染风疹病毒，胎儿发生室间隔缺损的概率显著升高。病毒感染可通过胎盘影响胎儿心脏的正常发育，干扰心脏胚胎发育过程中的细胞分化、组织形成等关键环节，导致室间隔在形成过程中出现缺陷。
药物因素：孕妇在孕期不合理使用某些药物，如抗肿瘤药物、抗癫痫药物等。一些药物可能通过胎盘屏障影响胎儿心脏发育，干扰心脏发育相关的信号通路和基因调控，增加胎儿室间隔缺损的发生风险。例如，孕妇在早孕期服用某些抗癫痫药物，可能会对胎儿心脏发育产生不良影响。
不良生活方式：孕妇过量吸烟、酗酒等不良生活方式也与胎儿室间隔缺损有关。吸烟产生的尼古丁等有害物质可通过胎盘进入胎儿体内，影响胎盘的血液灌注和气体交换，导致胎儿缺氧，进而影响心脏发育；酗酒则可能干扰胎儿体内的代谢过程，影响心脏发育所需的营养物质供应和正常的生理生化反应，增加室间隔缺损的发生几率。
基础疾病：孕妇患有糖尿病等基础疾病时，胎儿室间隔缺损的发生风险增高。糖尿病孕妇血糖控制不佳，高血糖环境会影响胎儿的代谢和生长发育，干扰心脏发育相关的血管生成、心肌细胞增殖等过程，从而容易导致室间隔缺损等心脏畸形的发生。
其他因素
环境因素：孕期接触某些化学物质、放射性物质等环境污染物也可能影响胎儿心脏发育。例如长期接触铅等重金属，或者处于高辐射环境中，这些环境因素可能干扰胎儿心脏发育的关键阶段，增加室间隔缺损的发生风险。
胚胎发育过程中的偶然因素：在胚胎心脏发育的关键时期（妊娠第4-8周），任何影响心脏正常发育的偶然因素都可能导致室间隔缺损。比如胚胎自身的基因突变、细胞凋亡异常等情况，虽然具体机制尚不完全明确，但这些偶然的发育异常事件可能破坏室间隔正常的形成过程，最终导致室间隔缺损的出现。
