泌尿系统结石会引发疼痛（肾区或上腹部、下腹部疼痛）、血尿（肉眼或镜下血尿）、排尿异常（尿频、尿急、尿痛、排尿困难）及其他症状（恶心、呕吐、发热寒战），儿童患者有非典型症状，妊娠期女性需谨慎选择检查治疗方法。
下腹部疼痛：膀胱结石患者主要表现为下腹部疼痛，疼痛可伴有排尿困难、血尿等症状，疼痛会因排尿而有所缓解，但随着结石刺激膀胱黏膜，又可能再次出现疼痛。尿道结石患者会出现会阴部、阴茎头部剧烈疼痛，排尿困难，甚至急性尿潴留等表现。
血尿
肉眼血尿或镜下血尿：结石在移动过程中会损伤泌尿系统黏膜，导致黏膜出血从而引起血尿。血尿可分为肉眼可见的肉眼血尿以及需通过显微镜才能发现红细胞的镜下血尿；多数患者表现为镜下血尿，少数患者可出现肉眼血尿，血尿的严重程度与结石对黏膜损伤的程度有关。比如，输尿管结石患者中约80%-90%会出现血尿症状。
排尿异常
尿频、尿急、尿痛：当结石刺激膀胱黏膜或尿道黏膜时，会引起膀胱和尿道的刺激症状。患者会出现频繁的排尿感（尿频），有强烈的排尿欲望且很难控制（尿急），排尿时尿道有疼痛感（尿痛）。例如，膀胱结石患者由于结石刺激膀胱三角区，更容易出现明显的尿频、尿急、尿痛症状。
排尿困难：结石在尿道内梗阻时，会阻碍尿液的排出，导致排尿费力，尿线变细，甚至出现尿流中断的情况。比如，尿道结石较大时，会严重影响尿液的排出，使患者排尿困难，需要用力才能排出少量尿液。
其他症状
恶心、呕吐：当泌尿系统结石引起剧烈绞痛时，疼痛可刺激胃肠道，导致胃肠道平滑肌痉挛，从而引起恶心、呕吐症状。这种情况在肾绞痛发作时较为常见，患者可能会反复呕吐，呕吐物多为胃内容物。
发热、寒战：如果结石引起泌尿系统梗阻，导致尿液引流不畅，容易继发尿路感染，当感染严重时，患者会出现发热、寒战等全身感染症状。例如，肾结石合并感染时，患者体温可升高至38℃以上，同时伴有畏寒怕冷等表现。
对于儿童泌尿系统结石患者，由于其表述能力有限，可能主要表现为哭闹不安、拒食等非典型症状，家长需密切观察孩子的异常表现；妊娠期女性患泌尿系统结石时，要考虑到妊娠因素对治疗的影响，需谨慎选择检查和治疗方法，以避免对胎儿造成不良影响。
