先天性心脏病是儿童常见畸形，遗传因素占一定比例，如21-三体综合征常伴先心病，单基因病可致先心病；环境因素也重要，孕妇孕期接触不良因素会增风险，两者共同作用发病风险升高；不同类型先心病遗传相关性有差异，简单先心病多基因与环境共同作用，复杂先心病遗传影响更明显，有家族史者孕前后需注意，儿童疑患应及时检查。
遗传因素的作用：某些先天性心脏病具有明显的遗传倾向，例如21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常合并先天性心脏病，其染色体核型异常是明确的遗传因素导致，约40%的唐氏综合征患儿伴有心内膜垫缺损或室间隔缺损等先天性心脏病。一些单基因遗传病也可引起先天性心脏病，如马方综合征，是由FBN1基因缺陷引起的常染色体显性遗传病，患者会出现主动脉根部扩张、二尖瓣脱垂等心脏结构异常，进而导致先天性心脏病相关表现。
环境因素的协同作用：虽然遗传因素是先天性心脏病发病的原因之一，但环境因素也起到重要作用。孕妇在妊娠早期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，可增加胎儿患先天性心脏病的风险；孕妇接触放射线、服用某些致畸药物（如甲氨蝶呤等）、患有糖尿病等代谢性疾病，都可能干扰胎儿心脏发育，增加先天性心脏病发生的几率。即使有遗传易感性，如果没有不利的环境因素影响，也不一定会发生先天性心脏病；反之，仅有环境因素影响，而没有遗传基础，发生先天性心脏病的概率相对较低，但两者共同作用时，发病风险会显著升高。
不同类型先天性心脏病的遗传相关性差异：不同类型的先天性心脏病遗传相关性有所不同。一些简单的先天性心脏病，如房间隔缺损、室间隔缺损等，单基因遗传的情况相对较少，更多是多基因遗传与环境因素共同作用的结果；而一些复杂的先天性心脏病，如法洛四联症等，遗传因素的影响相对更明显。多基因遗传是指由多个基因共同作用，再加上环境因素的影响导致疾病发生，多个基因的微小作用累加起来，并与环境因素相互作用，从而决定了个体是否容易患先天性心脏病以及患病的严重程度。
对于有先天性心脏病家族史的人群，孕妇在孕前及孕期需要更加注意避免接触有害物质、规范产检等，以降低胎儿患先天性心脏病的风险；对于已出生的儿童，如果怀疑有先天性心脏病，应及时进行心脏相关检查，以便早期发现、早期治疗。
