牙根尖囊肿晚期有局部、全身及特殊人群情况，局部有囊肿增大致面部变形、牙齿相关症状加重；全身可因继发感染出现发热、乏力、食欲减退、寒战等；儿童患者会影响颌骨发育及恒牙萌出；老年患者易合并其他全身性疾病且加重其病情，自身修复能力弱致病变恢复慢。
囊肿增大导致面部变形：随着牙根尖囊肿不断增大，会使颌骨膨胀，进而引起面部相应部位出现畸形。不同部位的囊肿增大可能导致不同外观的改变，比如上颌前牙区的囊肿增大可能使鼻唇沟附近膨隆，下颌部位的囊肿增大可能导致下颌骨相应区域肿胀变形。这种面部变形是由于囊肿向周围骨质侵蚀性生长，破坏了正常颌骨的形态结构所致。
牙齿相关症状加重：晚期时牙齿松动、移位情况更为明显。囊肿破坏了牙根周围的牙槽骨，使牙齿的支持组织严重受损，牙齿稳固性大幅下降。而且牙齿可能出现变色，这是因为牙髓组织受到囊肿的影响，血液循环障碍，导致牙髓坏死，从而使牙齿颜色发生改变，如变为灰黑色等。另外，患者可能会感觉牙齿有咬合痛，在咀嚼食物时，患牙承受咬合力会引发明显疼痛，这是由于囊肿对周围神经等组织产生压迫或刺激，影响了牙齿及周围组织的正常生理功能。
全身症状
感染相关全身表现：若囊肿发生继发感染，患者可能出现全身发热症状，体温可升高至38℃以上，这是身体的免疫反应对感染的应对。同时，可能伴有乏力、食欲减退等表现，因为感染引发的炎症反应会影响机体的代谢和生理功能，导致患者整体状态不佳，精神萎靡，对食物的兴趣降低。严重感染时还可能出现寒战，这是由于细菌毒素等物质进入血液循环，引起机体的强烈反应。
特殊人群情况
儿童患者：儿童牙根尖囊肿晚期除了上述局部和全身症状外，还可能影响颌骨的正常发育。因为儿童处于生长发育阶段，颌骨的生长受囊肿的破坏和影响，可能导致面部不对称更加明显，而且会影响恒牙的发育和萌出，导致恒牙萌出异常，如萌出位置异常、萌出延迟等。这是因为囊肿破坏了颌骨内恒牙胚周围的正常组织，干扰了恒牙的正常发育进程。
老年患者：老年患者牙根尖囊肿晚期可能合并其他全身性疾病，如高血压、糖尿病等。囊肿相关症状可能会加重这些基础疾病的病情。例如，面部变形等局部症状可能导致老年患者心理压力增大，进而影响血压、血糖的控制；感染相关的全身症状可能使老年患者原本就较弱的机体抵抗力进一步下降，加重基础疾病的恶化风险。老年患者自身组织修复能力相对较弱，囊肿相关的病变恢复也会相对缓慢。
