心脏室间隔缺损的发生与遗传因素、环境因素及其他因素相关。遗传因素包括染色体异常相关及单基因遗传；环境因素有孕妇感染、接触有害物质、不良生活方式；其他因素涉及母体疾病影响及胚胎发育早期异常。
单基因遗传：存在一些单基因的突变可引发室间隔缺损。比如NKX2-5基因，该基因在心脏发育中起着关键作用，它参与调控心脏胚胎细胞的分化、增殖和心肌组织的形成等过程。当NKX2-5基因发生突变时，会影响心脏室间隔的正常发育，增加室间隔缺损发生的风险。这种单基因遗传导致的室间隔缺损可能在家族中有一定的遗传倾向，若家族中有成员患有由特定单基因引起的室间隔缺损，其他家庭成员携带相关突变基因的概率会升高。
环境因素
孕妇感染：孕妇在妊娠早期若感染某些病毒，如风疹病毒。风疹病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿心脏的发育。研究表明，孕妇在妊娠前3个月内感染风疹病毒，胎儿发生心脏畸形包括室间隔缺损的概率会显著增加。这是因为病毒感染会干扰胚胎心脏的正常发育进程，影响心脏组织的分化和结构形成，导致室间隔在发育过程中出现异常，无法正常闭合。
孕妇接触有害物质：孕妇接触某些有害物质也可能增加胎儿室间隔缺损的发生风险。例如长期接触放射性物质，过量的辐射会对胚胎细胞造成损伤，影响细胞的正常分裂、分化等过程。另外，孕妇长期处于污染的环境中，接触如农药、工业化学污染物等，这些有害物质可能通过胎盘进入胎儿体内，干扰心脏发育相关的生理过程，导致室间隔缺损的形成。
孕妇不良生活方式：孕妇酗酒、吸烟等不良生活方式也与胎儿室间隔缺损有关。孕妇酗酒时，酒精可通过胎盘影响胎儿的发育，干扰心脏的正常构建。吸烟产生的尼古丁等有害物质会导致胎盘血管收缩，影响胎儿的血液供应，进而影响心脏的发育。有研究显示，孕妇吸烟会使胎儿发生室间隔缺损的风险明显升高，因为吸烟引起的胎盘血液循环障碍等问题会干扰心脏发育所需的营养物质和氧气的供应，从而影响室间隔的正常形成。
其他因素
母体疾病影响：孕妇患有某些全身性疾病，如糖尿病。孕妇患有糖尿病时，高血糖环境会影响胚胎的代谢，导致心脏发育异常。糖尿病孕妇体内的高血糖可通过多种途径干扰胎儿心脏的发育过程，例如影响细胞的糖代谢，进而影响心肌细胞的分化和心肌组织的形成，增加室间隔缺损等心脏畸形的发生概率。
胚胎发育早期的异常：在胚胎发育的早期阶段，如心脏形成的关键时期（妊娠的第3-8周），任何干扰心脏正常发育的因素都可能导致室间隔缺损。例如胚胎自身的发育调控出现异常，细胞的增殖、迁移等过程发生紊乱，使得室间隔在融合、闭合等过程中出现障碍，从而形成室间隔缺损。
