肾错构瘤具体发病原因未完全明确，主要与遗传因素（部分患者有家族遗传倾向，如结节性硬化症患者易合并，与TSC1和TSC2基因等突变相关）、基因突变（散发性患者存在基因突变更影响细胞过程）、激素影响（推测激素对其有一定作用但研究有限）、环境因素（长期接触环境污染物可能关联但需更多证据）有关。
遗传因素：部分肾错构瘤患者存在家族遗传倾向，比如结节性硬化症患者，约半数会合并肾错构瘤，这是一种常染色体显性遗传性疾病，由于基因缺陷导致体内的一些调节机制异常，使得肾脏出现血管、平滑肌和脂肪组织的异常增生形成肿瘤。此类患者往往有家族中多人患病的情况，其发病与特定的基因突变相关，如TSC1基因和TSC2基因的突变，这些基因的突变会影响细胞的正常生长和分化调控，增加肾错构瘤的发病风险。对于有家族结节性硬化症病史的人群，应定期进行肾脏相关检查，以便早期发现肾错构瘤。
基因突变：在散发性肾错构瘤（非遗传相关）患者中，也存在某些基因突变情况。例如，一些研究发现相关信号通路中的基因发生突变，影响了细胞的增殖、分化和凋亡等过程。比如哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）信号通路相关基因的异常，mTOR信号通路在细胞生长、代谢和增殖中起重要作用，当该通路相关基因发生突变时，可能导致肾组织内的血管、平滑肌和脂肪组织不受正常调控而过度增生形成肾错构瘤。目前对于具体是哪些基因的哪些突变形式与散发性肾错构瘤的关系还在进一步深入研究中，但基因层面的异常改变被认为是肾错构瘤发病的重要内在因素之一。
激素影响：有研究推测激素可能对肾错构瘤的发生发展有一定影响。例如，女性患者在某些生理阶段，如青春期、孕期、更年期等，体内激素水平会发生较大变化，可能会影响肾脏内血管、平滑肌和脂肪组织的生长状态。不过目前这方面的研究还相对有限，激素如何具体作用于肾脏组织导致肾错构瘤的发生还需要更多的临床和基础研究来明确。一般来说，女性患者在不同生理时期应关注自身肾脏健康状况，定期体检，若发现异常及时就医评估。
环境因素：长期接触某些环境污染物可能与肾错构瘤的发生存在一定关联。例如长期接触一些化学物质，像某些工业污染物、农药等，这些环境中的有害物质可能会损伤肾脏细胞的DNA等遗传物质，干扰细胞的正常代谢和调控机制，增加肾错构瘤的发病风险。但环境因素通常是通过多种途径综合作用，而且需要较长时间的暴露才可能引发细胞的异常改变，目前关于具体哪些环境污染物与肾错构瘤的关系明确还需更多证据支持。在日常生活中，应尽量避免长时间接触不明的有毒有害环境物质，做好自身防护，减少环境因素对身体可能造成的潜在危害。
