肾萎缩的病因包括先天性因素（如出生时肾脏发育不良）、后天性因素，后天性因素又有缺血性因素（肾动脉狭窄、休克）、感染性因素（慢性肾盂肾炎、肾结核）、梗阻性因素（尿路结石、前列腺增生）、自身免疫性因素（狼疮性肾炎）、其他因素（药物性肾损伤、衰老相关因素）。
一、先天性因素
（一）发育异常
部分患者出生时就存在肾脏发育不良的情况，这可能与遗传因素或者胚胎发育过程中受到某些不利因素影响有关。例如，在胚胎形成早期，基因的突变或者染色体异常等情况可能干扰肾脏的正常发育，导致肾萎缩的发生。这种先天性的肾萎缩在儿童中可能会被较早发现，因为其生长发育可能会受到影响，表现为肾脏体积较正常同龄人明显偏小等情况。
二、后天性因素
（一）缺血性因素
1.肾动脉狭窄：
肾动脉狭窄可由多种原因引起，如动脉粥样硬化，这在老年人中较为常见，随着年龄增长，动脉壁逐渐发生病变，脂质沉积等导致肾动脉狭窄，使肾脏血液灌注不足，长期缺血缺氧会引起肾实质萎缩。另外，纤维肌性发育不良也可导致肾动脉狭窄，这种情况在中青年女性中相对多见。肾动脉狭窄会使得肾脏的血流减少，肾小球滤过率下降，进而影响肾脏的正常结构和功能，逐渐出现肾萎缩。
2.休克：
严重的休克，如失血性休克、感染性休克等，会导致全身血液循环灌注不足，肾脏是对缺血非常敏感的器官。当肾脏长时间处于缺血状态时，肾小管上皮细胞等会受到损伤，肾脏的结构和功能逐渐发生改变，最终可能导致肾萎缩。例如，患者经历了大量出血或者严重感染未得到及时控制，导致休克发生，若休克持续时间较长，就可能引发肾萎缩。
（二）感染性因素
1.慢性肾盂肾炎：
慢性肾盂肾炎是由细菌感染引起的肾脏慢性炎症性疾病。细菌反复感染肾脏，会破坏肾组织，引起肾间质纤维化、肾小管萎缩等病理改变。随着病情的进展，肾脏的体积会逐渐缩小，出现肾萎缩。这种疾病在女性中相对多见，可能与女性尿道短等解剖结构特点有关，容易发生泌尿系统感染，若感染反复发作且未得到彻底治疗，就容易发展为慢性肾盂肾炎并导致肾萎缩。患者可能会有反复的尿频、尿急、尿痛等泌尿系统症状，同时伴有腰部不适等表现。
2.肾结核：
肾结核是由结核分枝杆菌感染引起的肾脏疾病。结核分枝杆菌侵犯肾脏后，会引起肾脏的结核病变，导致肾组织破坏、纤维化等。随着病情的发展，肾脏的正常结构被破坏，体积逐渐缩小，出现肾萎缩。肾结核患者通常会有低热、盗汗、乏力等全身症状，以及尿频、尿急、尿痛、血尿等泌尿系统症状。
（三）梗阻性因素
1.尿路结石：
尿路结石可发生在肾脏、输尿管、膀胱等部位。如果结石位于肾脏，引起尿路梗阻，尿液排出受阻，会导致肾盂积水。长期的肾盂积水会使肾实质受到压迫，血供减少，进而引起肾实质萎缩。例如，患者肾脏内存在结石，堵塞了肾盂输尿管连接部等部位，导致尿液无法顺利排出，肾盂逐渐扩张，压迫肾实质，时间久了就会出现肾萎缩。患者可能会有肾区疼痛、血尿等表现。
2.前列腺增生：
前列腺增生主要发生在老年男性中，增生的前列腺会压迫尿道，导致尿路梗阻。对于男性患者来说，梗阻可向上影响到肾脏，引起肾盂积水，长期的肾盂积水会导致肾萎缩。前列腺增生患者会出现进行性排尿困难等症状，如排尿迟缓、尿线变细、尿不尽等，随着病情发展，可能会出现肾萎缩等并发症。
（四）自身免疫性因素
1.狼疮性肾炎：
系统性红斑狼疮是一种自身免疫性疾病，当累及肾脏时可引起狼疮性肾炎。自身免疫系统错误地攻击肾脏组织，导致肾小球、肾小管等受到损伤，出现炎症反应、纤维化等病理改变，最终导致肾萎缩。这种疾病在育龄期女性中较为常见，患者除了有肾脏相关表现外，还可能有面部红斑、关节疼痛等全身多系统受累的表现。
（五）其他因素
1.药物性肾损伤：
某些药物可能会对肾脏造成损伤，长期使用肾毒性药物可能导致肾萎缩。例如，某些抗生素（如氨基糖苷类抗生素）、非甾体类抗炎药等。这些药物可能通过直接的肾毒性作用或者引起过敏反应等机制损伤肾脏组织。长期服用这类药物的患者需要密切监测肾脏功能，一旦出现肾脏损伤的迹象，应及时调整用药。
2.衰老相关因素：
随着年龄的增长，肾脏也会逐渐出现老化现象。肾小球滤过率会逐渐下降，肾单位逐渐减少，肾脏的体积也会有一定程度的缩小，但一般这种生理性的肾萎缩程度较轻，且在老年人中如果合并有其他疾病，如高血压、糖尿病等，可能会加速肾萎缩的进程。老年人如果有基础疾病，需要更加注意保护肾脏功能，定期进行肾脏相关检查。
