基孔肯雅热的病原体是基孔肯雅病毒。
基孔肯雅病毒属于披膜病毒科甲病毒属，是一种单股正链RNA病毒。这种病毒结构相对简单，却具备较强的感染能力，能在多种宿主细胞内复制增殖。
它对热较为敏感，56℃加热30分钟即可被灭活，在低温环境下能长期保存。病毒颗粒呈球形，有包膜，表面有刺突，这些结构特点使其更容易识别并侵入宿主细胞。
基孔肯雅病毒主要通过伊蚊叮咬传播，尤其是埃及伊蚊和白纹伊蚊。当伊蚊叮咬感染基孔肯雅病毒的人或动物后，病毒会在蚊子体内繁殖，再去叮咬健康人时，就会将病毒传播给新的宿主，进而引发基孔肯雅热的流行。
