甲状腺功能亢进症（甲亢）不治会带来多方面严重后果，包括心血管系统损害致心脏扩大、心律失常等，骨骼系统异常引发骨密度降低、骨折等，Graves病相关甲亢可致眼部病变逐渐加重甚至失明，内分泌系统紊乱影响女性月经、男性生殖及整体内分泌平衡，消化系统出现食欲亢进体重降、腹泻等致营养不良，神经系统症状加重影响生活学习，儿童患者还会影响生长发育和智力发育。
骨骼系统异常：甲状腺激素过多会影响骨代谢，导致骨密度降低，增加骨质疏松的发生风险。患者可能出现骨痛、骨折等情况，尤其是绝经后女性甲亢患者，本身就有骨质疏松的较高风险，若再合并甲亢不治疗，骨量丢失会加速，骨折的可能性大幅增加。
眼部病变：Graves病相关的甲亢可能伴有眼部病变，分为单纯性突眼和浸润性突眼。单纯性突眼相对较轻，表现为眼球轻度突出等；浸润性突眼则较为严重，可导致眼球明显突出、眼内异物感、畏光、流泪、视力下降等，严重时可引起角膜溃疡、全眼球炎甚至失明。这种眼部病变在甲亢未得到治疗时会逐渐进展加重。
内分泌系统紊乱：对女性而言，可能导致月经紊乱，如月经量减少、闭经等；对男性可能影响生殖系统，出现性欲减退、阳痿等。同时，甲亢还可能影响垂体-肾上腺轴等内分泌功能，导致身体整体内分泌平衡失调，进一步影响身体各器官的正常功能。
消化系统影响：患者可能出现食欲亢进但体重却明显下降、腹泻等症状，长期不治疗会导致营养不良，影响身体的整体健康状况，使患者体质变差，抵抗力下降，容易并发其他感染性疾病等。
神经系统症状加重：甲亢会引起神经系统兴奋性增高，如出现烦躁、易怒、失眠等症状，若不治疗，这些神经系统症状会逐渐加重，严重影响患者的生活质量和日常工作、学习能力。对于儿童甲亢患者，不及时治疗可能会影响其生长发育和智力发育，因为甲状腺激素对儿童的生长发育和神经系统发育起着重要作用，长期甲状腺激素水平异常会干扰正常的生长发育进程。
