子宫内膜异位症发病机制涉及经血逆流（月经期内膜碎片逆流且生殖道畸形增加风险）、遗传因素（家族有亲属患病个体风险高）、免疫调节异常（免疫功能异常易致发病）、炎症因素（盆腔炎症及不良生活方式促进）、体腔上皮化生学说（体腔上皮化生为内膜样组织致病）。
一、经血逆流
月经期时，子宫内膜碎片可随经血逆流通过输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位，从而引发子宫内膜异位症。存在生殖道畸形导致经血排出不畅的女性，经血逆流概率增加，子宫内膜异位症发生风险相应升高。不同年龄女性在月经周期中均可能出现经血逆流情况，但生殖道畸形等特定因素会影响该过程与疾病发生的关联。
二、遗传因素
子宫内膜异位症具有一定遗传易感性，若家族中有亲属患病，个体患病风险高于普通人群。相关基因的突变或异常表达可能与疾病发生发展有关，不同性别在遗传易感性上无本质差异，但家族遗传背景会影响个体发病几率，女性无论年龄大小，家族遗传因素均是需要考虑的风险点。
三、免疫调节异常
正常情况下免疫系统可清除异位子宫内膜细胞，当免疫功能异常，如免疫监视功能低下，无法有效清除异位内膜组织时，易导致子宫内膜异位症发生。不同年龄人群免疫功能状态不同，年轻女性相对免疫调节功能活跃，也可能因免疫调节异常发病，年龄增长后免疫功能衰退，会影响对异位内膜组织的清除能力。
四、炎症因素
盆腔局部炎症反应可参与子宫内膜异位症发病，炎症因子会促进子宫内膜细胞种植、黏附及生长。长期存在慢性炎症刺激，如盆腔感染病史等情况，会增加炎症相关因子释放，影响子宫内膜异位症发生。不同生活方式下炎症发生概率不同，不注意经期卫生等不良生活方式可能增加盆腔感染风险，促进该病发病。
五、体腔上皮化生学说
盆腔腹膜、卵巢表面等体腔上皮在某些因素作用下可化生为子宫内膜样组织，进而发展为子宫内膜异位症。女性具备体腔上皮相关结构，该学说在女性子宫内膜异位症发病机制中有一定解释作用，青春期后女性体腔上皮生理变化可能与化生机制发生相关。
