肩胛骨酸痛可能由多种原因引起，包括肌肉骨骼系统相关原因（姿势不良、肌肉劳损、肩周炎、颈椎病）、外伤因素（急性外伤、慢性损伤积累）、胸廓出口综合征以及内脏疾病牵涉痛（心肺疾病）。
肌肉劳损：过度使用上肢进行重复性动作，如频繁上肢运动的运动员、长期进行手工劳动的人群等，肩胛骨周围肌肉容易发生劳损。比如，运动员进行大量的肩部运动训练时，肩胛骨周围肌肉反复收缩、拉伸，易出现劳损导致酸痛。
肩周炎：多见于中老年人，肩关节周围组织发生炎症，可波及肩胛骨周围，引起酸痛，同时伴有肩关节活动受限，尤其是外展、上举等动作受限。随着年龄增长，肩关节周围组织退变，加上可能的轻微损伤等因素，容易诱发肩周炎。
颈椎病：颈椎病变可压迫神经根，导致肩胛骨区域出现放射性酸痛。颈椎的椎间盘突出、骨质增生等病变，当压迫到支配肩胛骨区域的神经时，就会引起相应部位的酸痛。例如，神经根型颈椎病，患者除了颈部不适外，常伴有肩胛骨区域的酸痛。不同年龄段都可能患颈椎病，但长期低头等不良生活方式会增加中青年患颈椎病的风险。
外伤因素
急性外伤：肩胛骨部位受到直接撞击，如运动中被碰撞、意外摔倒时肩部着地等，可导致肩胛骨周围肌肉、骨骼损伤，引起酸痛。比如，运动时发生的肩部碰撞伤，可能会造成肩胛骨周围软组织挫伤或骨折，从而出现酸痛症状。
慢性损伤积累：长期反复的肩部微小损伤积累，也会导致肩胛骨酸痛。例如，经常搬运重物的人群，肩部反复受力，逐渐造成肩胛骨周围组织的慢性损伤，引发酸痛。
胸廓出口综合征
由于胸廓出口处的神经、血管受压，可引起肩胛骨区域酸痛，同时可能伴有上肢麻木、无力等症状。胸廓出口综合征的发生与胸廓出口的解剖结构异常、肌肉紧张等因素有关，长期不良姿势可能加重胸廓出口处的压迫情况。
内脏疾病牵涉痛
心肺疾病：某些心肺疾病可引起肩胛骨区域牵涉痛，如冠心病、胸膜炎等。冠心病发作时，疼痛可放射至左肩、肩胛骨区域；胸膜炎患者也可能出现肩胛骨附近的酸痛，同时伴有胸痛、咳嗽等症状。对于有基础心肺疾病的人群，若出现肩胛骨酸痛，需警惕心肺疾病发作的可能。
