骨软骨瘤是常见良性骨肿瘤，病因未完全明确，与遗传因素（部分具常染色体显性遗传倾向，EXT1和EXT2基因等突变相关，家族遗传史者后代风险高）、胚胎发育异常（胚胎期软骨正常分化和骨化紊乱致软骨外生突起不能正常退化形成）、生长发育因素（多见于青少年，其骨骼快速生长发育时，长骨干骺端骨生长板区域软骨细胞异常增殖形成肿物）有关。
遗传因素
部分骨软骨瘤具有遗传倾向，是一种常染色体显性遗传性疾病。研究发现，家族性骨软骨瘤病患者存在特定的基因异常。例如，EXT1和EXT2基因的突变与多发性骨软骨瘤的发生密切相关。这些基因的突变会影响软骨的正常发育和代谢，导致骨软骨瘤的形成。在有家族遗传史的人群中，后代患骨软骨瘤的风险相对较高。不同性别在遗传易感性上并无明显差异，但家族遗传因素对各年龄段人群的影响是普遍存在的，儿童和青少年时期如果携带相关突变基因，就可能在生长发育过程中逐渐出现骨软骨瘤的表现。
胚胎发育异常
在胚胎发育早期，软骨的正常分化和骨化过程出现紊乱是导致骨软骨瘤的重要原因。在胚胎时期，骨骼的形成经历了软骨内化骨等复杂过程。如果在这个过程中，软骨细胞的增殖、分化调控出现异常，就可能导致骨表面的软骨外生突起不能正常退化，从而持续生长形成骨软骨瘤。这种胚胎发育异常在不同生活方式的人群中并无明显差异，但对于孕妇的孕期保健等因素可能会间接影响胚胎发育，例如孕妇如果接触某些有害物质、感染特定病毒等，可能增加胚胎发育异常的风险，进而增加胎儿日后患骨软骨瘤的可能性。
生长发育因素
骨软骨瘤多见于青少年，这与青少年时期骨骼的快速生长发育密切相关。在青少年骨骼生长旺盛阶段，骨的生长板区域容易出现异常。骨软骨瘤通常好发于长骨干骺端，如股骨远端、胫骨近端等部位，这些部位正是骨骼生长活跃的区域。在生长发育过程中，局部的软骨细胞异常增殖，突破骨皮质向表面生长，形成向外突出的骨性肿物。不同性别在生长发育速度上可能存在一定差异，但这并不是导致骨软骨瘤的决定因素，而是与整个骨骼生长发育的阶段相关。对于青少年群体，尤其是处于快速生长期的个体，需要关注骨骼的健康状况，及时发现可能出现的骨软骨瘤相关症状。
