卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病变，其原因包括经血逆流（经期剧烈运动、有家族史等易致）、体腔上皮化生（受经血、慢性炎症刺激）、免疫因素（免疫功能异常致异位内膜组织难清除）、遗传因素（家族有相关病者风险高）、内分泌因素（高雌激素状态如未产妇、初潮早、绝经晚等易发病）。
经血逆流：月经期时，子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，继而生长、蔓延，形成卵巢巧克力囊肿。这种情况在有经期剧烈运动、子宫内膜异位症家族史等情况的人群中相对更易发生，比如一些女性在经期进行跳绳、快跑等剧烈运动，就可能增加经血逆流的风险。
体腔上皮化生：卵巢生发上皮、盆腔腹膜等由胚胎期具有高度化生潜能的体腔上皮分化而来，在反复受到经血、慢性炎症等刺激后，可被激活转化为子宫内膜样组织，从而形成囊肿。长期的慢性盆腔炎症可能会促使这种体腔上皮化生的发生，进而增加卵巢巧克力囊肿的发病几率。
免疫因素：机体的免疫功能异常在卵巢巧克力囊肿的发病中也起到一定作用。正常情况下，免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜组织，但当免疫功能出现缺陷时，就无法有效清除这些异位的内膜组织，使其在卵巢等部位持续生长，形成囊肿。例如一些患有自身免疫性疾病的女性，其发生卵巢巧克力囊肿的概率可能相对较高。
遗传因素：卵巢巧克力囊肿具有一定的遗传倾向性。如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症相关疾病，那么个体患病的风险可能会增加。研究发现，某些基因的突变或异常可能与卵巢巧克力囊肿的遗传易感性有关。
内分泌因素：子宫内膜的生长受雌激素的影响，雌激素可促使子宫内膜生长。在月经周期中，卵巢巧克力囊肿内的异位内膜组织也会随着雌激素水平的变化而发生周期性出血，导致囊肿逐渐增大。长期的高雌激素状态，如未产妇、初潮早、绝经晚等情况，会使子宫内膜异位症的发病风险升高，进而增加卵巢巧克力囊肿的发生几率。未产妇由于没有经历过足月分娩，子宫内膜异位症的发病风险相对较高；初潮年龄较早的女性，月经初潮至第一次妊娠的时间间隔较长，子宫内膜异位症的发病风险增加；绝经年龄较晚的女性，子宫内膜受到雌激素刺激的时间更长，也容易增加患病风险。
