支原体肺炎后期咳嗽的原因包括气道高反应性（支原体感染致气道黏膜损伤，各年龄段可发生，儿童更易出现）、气道黏液纤毛清除功能异常（支原体感染影响该系统，各年龄段可发生，儿童更脆弱）、感染后咳嗽综合征（病原体清除后气道黏膜炎症修复需时，各年龄有发生，儿童恢复可能更慢）、合并其他病原体感染（后期免疫力低易合并，各年龄段可发生，儿童风险更高）、个体差异（不同个体反应不同，过敏体质等易致咳嗽迁延，年龄、性别等差异影响）。
气道黏液纤毛清除功能异常
支原体感染会影响气道的黏液纤毛清除系统，使其功能发生紊乱。正常情况下，黏液纤毛系统可以有效地清除气道内的异物、病原体等，但在支原体肺炎后期，该系统的功能受到影响，导致气道内的黏液等分泌物排出不畅，刺激气道引起咳嗽。各年龄段人群均可发生，儿童的黏液纤毛清除系统相对脆弱，在支原体感染后更易出现功能异常的情况。
感染后咳嗽综合征
支原体肺炎在急性期经过治疗后，病原体被清除，但气道黏膜的炎症修复需要一定时间，在此过程中可能会出现感染后咳嗽综合征。这种咳嗽通常具有自限性，但持续时间可能较长。不同年龄的患者都可能发生，对于儿童来说，身体恢复相对成人可能需要更多时间来完成气道黏膜的修复，从而导致感染后咳嗽综合征持续时间可能相对较长。
合并其他病原体感染
在支原体肺炎后期，患者的免疫力相对较低，容易合并其他病原体的感染，如病毒、细菌等。多种病原体的混合感染会加重气道的炎症反应，进而引起咳嗽持续不愈。不同年龄段人群都有发生合并感染的可能，儿童由于免疫系统发育不完善，合并其他病原体感染的风险相对更高。例如，在支原体肺炎后期，儿童如果接触到其他感染源，就更容易出现合并感染导致咳嗽加重或持续。
个体差异
不同个体对支原体感染的反应不同，一些患者可能本身具有过敏体质等特殊情况，在支原体肺炎后期更容易出现咳嗽迁延不愈的情况。比如有过敏体质的人群，在支原体感染后气道的高反应性可能更为明显，从而导致后期咳嗽持续时间较长。不同年龄、性别等个体差异都会影响支原体肺炎后期咳嗽的发生和持续情况，例如女性在某些生理周期等情况下，免疫力等身体状况可能有所变化，也可能影响后期咳嗽的表现。
