骨囊肿形成机制尚未完全明确，一般认为与生长发育因素（骨内静脉回流异常、骨髓腔内压力变化）、创伤因素（轻微创伤积累、骨折后修复异常）、遗传因素（基因相关影响）有关，遗传因素是在遗传易感性基础上结合其他因素共同作用发病。
生长发育因素
骨内静脉回流异常：在骨骼生长发育过程中，骨内的静脉回流可能存在异常情况。例如，在儿童和青少年的骨骼生长阶段，骨内的血管结构尚不完善，若局部静脉回流受阻，会导致局部血液淤积，使得局部的液体环境发生改变，进而可能促使骨囊肿的形成。儿童处于快速生长发育时期，骨骼的代谢活跃，这种静脉回流异常更易在该年龄段引发骨囊肿相关病变。
骨髓腔内压力变化：骨骼的生长和改建过程中，骨髓腔内的压力会发生变化。如果骨髓腔内压力失衡，可能影响骨组织的正常代谢。在一些情况下，骨髓腔内可能会形成局部的低压区，使得液体等物质积聚，逐渐形成囊性病变。对于处于生长发育阶段的青少年来说，骨骼的生长改建频繁，骨髓腔内压力的波动相对较大，增加了骨囊肿形成的风险。
创伤因素
轻微创伤积累：儿童和青少年活泼好动，在日常活动中可能会有一些轻微的创伤，但往往容易被忽视。这些轻微创伤可能会导致骨内的小血管破裂出血，形成局部的血肿。在血肿吸收和骨修复的过程中，如果出现异常，就可能引发骨囊肿。例如，儿童在玩耍时摔倒，可能导致骨骼受到微小的损伤，后续的修复过程中如果出现问题，就可能逐渐发展为骨囊肿。
骨折后修复异常：当发生骨折时，骨折部位的修复过程如果出现异常，也可能与骨囊肿的形成相关。骨折后，骨组织需要进行修复和改建，如果在这个过程中，骨内的成骨细胞和破骨细胞的功能失衡，就可能导致局部出现囊性改变。对于儿童骨折患者，由于其骨骼的再生能力较强，但同时修复过程也相对更易出现调节失衡的情况，所以骨折后发生骨囊肿的风险相对较高。
遗传因素
基因相关影响：目前有研究表明，骨囊肿的形成可能与某些基因的异常有关。虽然具体的相关基因尚未完全明确，但遗传因素在其发病中可能起到一定的作用。如果家族中有骨囊肿患者，那么其他家庭成员患骨囊肿的风险可能会相对增加。不过，遗传因素并不是单独导致骨囊肿形成的唯一原因，往往是在遗传易感性的基础上，结合其他环境等因素共同作用而发病。例如，某些遗传性的骨代谢相关基因的突变，可能会使个体对骨囊肿的易感性增加，再加上后天的一些环境因素刺激，就更容易引发骨囊肿。
