食管气管瘘有典型症状和其他表现，典型症状包括进食时易呛咳（吞咽液体时更明显，儿童更频繁严重）、食物或分泌物入气管致呼吸困难（新生儿危急、病情进展可加重）、进入气管的食物残渣致反复肺部感染（有基础病老人恢复慢，儿童影响生长发育）；其他表现有喂养困难（婴儿拒奶、成人吞咽费力，老人致营养不良，儿童影响生长发育）、因进食困难和营养吸收不良致体重下降（老人机能衰退快，儿童生长曲线异常）。
一、典型症状
1.呛咳
当食管与气管之间形成瘘管后，进食时食物容易误入气管，从而引发呛咳。尤其是在吞咽液体时，呛咳往往更为明显。这是因为液体的流动性使得更容易通过瘘管进入气管，刺激气管黏膜引起咳嗽反射。对于儿童来说，由于其吞咽协调能力尚未完全发育成熟，发生食管气管瘘时呛咳可能会更为频繁且严重，因为他们在进食过程中更难精准控制食物的流向。
2.呼吸困难
由于食物或分泌物进入气管，可导致气道部分阻塞，引起呼吸困难。轻度时可能表现为呼吸急促，严重时可出现发绀（口唇、甲床等部位发紫）。如果是新生儿出现食管气管瘘，呼吸困难可能会比较危急，因为新生儿的气道相对狭窄，少量的异物进入就可能导致明显的气道梗阻。随着病情进展，呼吸困难可能会加重，影响气体交换，进而影响全身的氧供。
3.反复肺部感染
进入气管的食物残渣会成为细菌滋生的培养基，导致肺部反复感染。患者会出现发热、咳嗽、咳痰等症状，痰液可能为脓性。对于有基础疾病的老年人，本身肺功能就相对较弱，发生食管气管瘘后更容易反复发生肺部感染，且感染后恢复相对较慢。儿童由于免疫系统发育尚未完善，反复肺部感染还可能影响其生长发育，导致体重不增、发育迟缓等情况。
二、其他表现
1.喂养困难
无论是婴儿还是成人，都可能出现喂养困难的情况。婴儿表现为吃奶时容易呛咳、拒奶等；成人则表现为进食时吞咽费力、食物难以顺利通过食管进入胃内。对于患有食管气管瘘的老年人，喂养困难可能会导致营养不良，因为无法正常摄取足够的营养物质。而儿童长期喂养困难会影响其营养摄入，进而影响身体的正常生长和发育。
2.体重下降
由于进食困难以及营养物质吸收不良（部分营养物质随瘘管进入气管被排出体外），患者会出现体重下降的情况。尤其是病情持续时间较长的患者，体重下降可能较为明显。老年人本身代谢率较低，体重下降可能会更快地出现身体机能衰退等不良后果；儿童体重下降则会影响其正常的生长曲线，导致身高、体重低于同龄人正常水平。
