真菌性肺炎症状多样，全身症状因人群不同有差异，免疫正常者较轻，免疫低下者严重，儿童全身症状不典型；呼吸系统症状有咳嗽、咳痰、呼吸困难，咳嗽轻重因情况而异，咳痰性状多样，呼吸困难与气体交换障碍有关；还可有胸痛、胃肠道症状等伴随症状。
不同人群表现差异：对于免疫功能正常的患者，全身症状相对较轻，可能仅有低热，体温一般在37.5℃-38℃左右，持续时间不定；而对于免疫功能低下的人群，如长期使用免疫抑制剂者、艾滋病患者等，全身症状较为严重，可出现高热，体温可超过39℃，还可能伴有寒战、乏力、消瘦等表现。例如，艾滋病患者由于免疫系统严重受损，患真菌性肺炎时全身症状往往更为突出，高热持续时间长，且乏力、消瘦等情况较为明显。
年龄因素影响：儿童患者全身症状可能不如成人典型，部分儿童可能表现为精神萎靡、食欲减退等非特异性全身症状，体温可正常或仅有低热，这是因为儿童的免疫系统发育尚未完全成熟，对感染的反应与成人有所不同。
呼吸系统症状
咳嗽：较为常见，可为刺激性干咳，也可伴有少量白色黏痰。在免疫功能正常的患者中，咳嗽症状可能相对较轻，持续时间不定；而免疫功能低下者，咳嗽往往较为剧烈，持续时间长，且可能逐渐加重。例如，长期使用糖皮质激素的患者，由于免疫功能受抑制，患真菌性肺炎时咳嗽症状通常较为严重，影响患者的日常生活和睡眠。
咳痰：痰的性状因真菌种类和病情而异。有些患者可咳出白色黏液痰，若合并细菌感染，痰可变为黄色脓性；少数患者可能咳出血丝痰，这是因为肺部炎症累及小血管，导致血管破裂出血。例如，曲霉菌性肺炎患者有时可咳出果酱样痰，这是曲霉菌感染的一个较为特征性的表现，但相对少见。
呼吸困难：病情较重时可出现呼吸困难，表现为呼吸频率加快、气促，严重者可出现发绀（口唇、甲床等部位颜色发紫）。呼吸困难的发生与肺部炎症导致的气体交换障碍有关。例如，重症真菌性肺炎患者由于肺部广泛受累，气体交换面积减少，可迅速出现严重的呼吸困难，需要及时就医处理。在儿童患者中，呼吸困难可能表现为呼吸急促、鼻翼扇动等，家长应密切关注儿童的呼吸情况，一旦出现异常应及时就诊。
其他伴随症状
胸痛：部分患者可出现胸痛，多为隐痛或刺痛，疼痛可随呼吸或咳嗽加重。胸痛的发生是由于炎症刺激胸膜所致。例如，肺念珠菌病患者有时可出现胸痛症状，疼痛程度因人而异。
胃肠道症状：有些患者可能伴有胃肠道症状，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。这可能是由于真菌毒素吸收或感染累及胃肠道引起。例如，念珠菌感染除了可引起肺部炎症外，还可能侵犯胃肠道，导致胃肠道功能紊乱，出现上述症状。在儿童患者中，胃肠道症状可能更为突出，需要注意与消化系统疾病相鉴别。
