手掌骨疼痛的原因多样，外伤因素包括直接外力撞击致骨折或软组织损伤、慢性劳损致组织过度摩擦牵拉；疾病因素有类风湿关节炎、骨关节炎等关节炎、感染性疾病、肿瘤；其他因素涉及内分泌因素如甲状腺功能减退症致关节疼痛、环境因素如寒冷潮湿致手部血液循环不畅引发疼痛，不同人群因不同因素易出现手掌骨疼痛。
慢性劳损：长期反复使用手部进行某种动作，如打字员长时间打字、乐器演奏者频繁弹奏、手工劳动者持续劳作等，会使手掌骨及其周围的肌肉、韧带等组织受到过度摩擦和牵拉，引起慢性劳损，出现疼痛。这种情况多见于长期从事特定手部工作的人群，随着年龄增长，手部关节退变等因素可能会加重慢性劳损的程度，女性和男性发生概率无明显差异，但长期重复性手部动作的人群更易患病。
疾病因素
关节炎
类风湿关节炎：是一种自身免疫性疾病，可累及手掌骨等小关节，导致关节疼痛、肿胀、僵硬，病情逐渐进展可能会出现关节畸形。好发于30-50岁人群，女性发病率高于男性。发病原因与自身免疫反应、遗传因素等有关，患者体内的免疫系统错误地攻击关节组织，引发炎症反应，导致手掌骨疼痛等症状。
骨关节炎：随着年龄增长，手掌骨关节软骨发生磨损、退化，骨质增生等，可引起骨关节炎，出现疼痛、活动受限等症状。多见于中老年人，女性相对更易受雌激素水平变化等因素影响而发病，肥胖人群由于手部关节承受更大压力，也会增加患骨关节炎的风险。
感染性疾病：手掌骨周围组织感染，如化脓性腱鞘炎蔓延至手掌骨部位，或骨髓炎等，会引起手掌骨疼痛，常伴有局部红肿、发热、畏寒等感染症状。任何年龄都可能发生，但免疫力较低的人群，如儿童、老年人或患有基础疾病的人群更易感染发病，细菌等病原体侵入手掌骨相关组织，引发炎症反应导致疼痛。
肿瘤：手掌骨部位的原发性肿瘤或转移性肿瘤，都可能导致疼痛。原发性肿瘤如骨巨细胞瘤等，转移性肿瘤多来自其他部位的恶性肿瘤转移至手掌骨。肿瘤会破坏手掌骨的正常结构，引起疼痛，可能伴有局部肿块、功能障碍等表现，各年龄均可发生，肿瘤本身的生物学行为决定了发病情况。
其他因素
内分泌因素：如甲状腺功能减退症患者，可能出现手部关节疼痛等症状，包括手掌骨疼痛。这与甲状腺激素分泌不足导致机体代谢紊乱、关节黏液性水肿等有关，各年龄均可发病，女性相对更常见，甲状腺功能减退会影响全身多个系统的功能，导致关节等部位出现异常表现。
环境因素：长期处于寒冷、潮湿的环境中，可能影响手部血液循环，导致手掌骨周围组织血液循环不畅，引起疼痛。例如，冬季在寒冷潮湿环境中工作的人群，手部更容易出现不适症状，不同年龄、性别均可因环境因素影响而出现手掌骨疼痛，尤其对于本身有关节基础问题的人群，环境因素可能加重疼痛症状。
