骨囊肿形成原因尚未完全明确，可能与生长发育因素（干骺端血流动力学改变、骨内静脉回流障碍）、外伤因素（轻微外伤诱发、外伤后骨组织修复异常）、遗传因素（家族遗传倾向、基因与骨骼发育的关系）有关。
生长发育因素
干骺端血流动力学改变：在骨骼生长发育过程中，干骺端的血流动力学可能存在异常。儿童处于骨骼快速生长阶段，干骺端是骨骼生长活跃的部位，局部血流的变化可能影响骨组织的代谢，导致骨内局部吸收增加，进而形成囊肿样改变。例如，有研究发现骨囊肿区域的骨小梁结构异常，可能与局部血液供应及骨组织代谢的失衡相关，儿童正处于骨骼快速生长时期，这种血流动力学的改变更容易在干骺端引发骨囊肿。
骨内静脉回流障碍：骨内的静脉回流系统对于维持骨组织的正常代谢至关重要。在骨囊肿患者中，可能存在骨内静脉回流障碍的情况。儿童骨骼的静脉系统发育尚不完善，更容易出现回流不畅。静脉回流障碍会导致局部骨组织的液体和营养物质代谢异常，使得骨组织吸收与重建失衡，逐渐形成骨囊肿。比如，在儿童长骨的干骺端，由于静脉回流障碍，局部骨组织内液体积聚，骨小梁被吸收，最终形成囊肿样的病变结构。
外伤因素
轻微外伤诱发：虽然骨囊肿患者可能没有明显的严重外伤史，但轻微外伤可能是诱发骨囊肿的一个因素。儿童活泼好动，日常生活中容易发生轻微的碰撞或扭伤等外伤。有研究表明，部分骨囊肿患者在发病前有过局部轻微外伤的经历，外伤可能导致骨内的微小血管损伤、出血，引起局部的炎症反应和骨组织的修复异常，进而促进骨囊肿的形成。例如，儿童在玩耍时不慎摔倒，手部或腿部受到轻微撞击，可能引发局部骨组织的一系列病理变化，最终发展为骨囊肿。
外伤后骨组织修复异常：外伤后骨组织的正常修复过程如果出现异常，也可能导致骨囊肿的形成。儿童的骨组织修复能力较强，但如果修复过程中出现紊乱，骨组织的吸收和重建不能正常进行，就可能形成囊性病变。外伤后局部骨组织的血肿机化过程如果发生异常，使得骨内的纤维组织增生和骨组织的吸收不均衡，就会逐渐形成骨囊肿。比如，外伤后局部血肿没有被正常吸收和转化为正常骨组织，而是形成了含有液体的囊性结构，随着时间的推移，逐渐发展为典型的骨囊肿。
遗传因素
家族遗传倾向：目前有研究提示骨囊肿可能具有一定的遗传易感性。某些遗传基因的突变或异常可能增加个体患骨囊肿的风险。虽然具体的遗传基因位点尚未完全明确，但家族中有骨囊肿患者的个体，其发病风险可能相对较高。例如，如果一个家庭中有多个成员患有骨囊肿，那么其他家族成员需要更加关注骨骼健康，定期进行骨骼检查，以便早期发现和干预。不过，遗传因素并非是骨囊肿发病的唯一因素，环境等其他因素也起到重要作用。
基因与骨骼发育的关系：与骨骼发育相关的基因如果发生变异，会影响骨骼的正常形成和代谢。这些基因的异常可能导致骨组织的结构和功能出现问题，使得骨囊肿更容易发生。例如，涉及骨细胞分化、骨基质合成等过程的基因发生突变，会干扰骨骼的正常生长和修复，为骨囊肿的形成创造条件。儿童时期是骨骼发育的关键阶段，遗传因素对骨骼发育的影响在这个时期更为明显，可能导致骨囊肿在儿童期更容易发病。
