慢性结肠炎的发病与多种因素相关，包括感染因素（细菌、病毒感染后易迁延成慢性炎症）、肠道菌群失调（长期使用广谱抗生素、不合理饮食等致菌群失衡引发炎症）、免疫因素（自身免疫错误攻击肠道组织致持续炎症）、遗传因素（遗传易感性使有家族史人群发病风险高）以及环境与生活方式因素（饮食不规律、辛辣刺激等刺激肠道，精神心理不良情绪通过神经-内分泌-免疫调节影响肠道功能）。
病毒感染：如肠道病毒感染，部分病毒感染人体肠道后，会对肠道黏膜造成损伤，且可能持续影响肠道的正常功能，导致慢性炎症状态。不同年龄人群都可能被肠道病毒侵袭，儿童的肠道更娇嫩，感染后更易引发慢性病变，而成人在机体免疫力下降等情况下也可能发生病毒感染后迁延不愈。
肠道菌群失调
正常肠道菌群对维持肠道的正常功能起着重要作用。当肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌相对增多，就会破坏肠道的微生态平衡，引发肠道炎症反应，进而可能导致慢性结肠炎。长期使用广谱抗生素、不合理的饮食结构、精神压力过大等因素都可能引起肠道菌群失调。比如长期大量使用广谱抗生素的患者，在抑制了有害菌的同时，也会大量杀灭有益菌，容易造成肠道菌群失调，增加慢性结肠炎的发病风险。不同年龄人群都可能因上述因素导致肠道菌群失调，儿童若不合理使用抗生素等情况也会影响肠道菌群平衡，成人中长期不良生活方式者也易出现这种状况。
免疫因素
人体的免疫系统在肠道健康中发挥关键作用。自身免疫性因素可导致慢性结肠炎，例如某些自身免疫性疾病累及肠道时，免疫系统错误地攻击肠道自身组织，引发持续的炎症反应。自身免疫性慢性结肠炎在不同年龄均可发生，儿童相对较少见，但成人中可能因遗传易感性等因素而发病。自身免疫相关的慢性结肠炎往往病情容易反复，需要长期关注免疫系统的调控情况。
遗传因素
遗传易感性在慢性结肠炎的发病中也有一定作用。某些基因的突变或遗传缺陷可能使个体更容易患上慢性结肠炎。有家族史的人群相对普通人群患慢性结肠炎的风险可能更高。不同年龄的人群若有家族遗传倾向，在相同的外界环境等因素刺激下，发病几率会有所不同。比如家族中有慢性结肠炎患者的儿童，虽然儿童期发病相对较少，但相比无家族史儿童，其潜在的遗传易感性使其在未来面对合适诱因时更易患病；而成人若有家族遗传背景，也需更加留意肠道健康状况，因为遗传因素增加了发病的可能性。
环境因素与生活方式
饮食因素：长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，或饮食不规律、暴饮暴食等，都可能刺激肠道黏膜，损伤肠道功能，引发慢性炎症。比如长期偏好高油高盐、辛辣刺激食物的人群，肠道长期受到不良刺激，患慢性结肠炎的风险增加。不同年龄人群均受饮食方式影响，儿童若家长喂养不当，给予过多刺激性食物或不规律饮食，会影响肠道发育和功能；成人长期不良饮食习惯更是直接损伤肠道。
精神心理因素：长期的精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪可通过神经-内分泌-免疫调节网络影响肠道功能，导致肠道蠕动紊乱、免疫功能失调，从而引发慢性结肠炎。现代社会中各年龄人群都可能面临较大精神压力，儿童可能因学习压力等精神因素影响相对较少，但成人中工作压力大、生活节奏快等情况易导致精神心理问题，进而影响肠道健康，增加慢性结肠炎发病风险。
