原发性肺脓肿最常见的致病菌是厌氧菌。
原发性肺脓肿多源于口腔或上呼吸道的感染灶，当机体抵抗力下降时，致病菌经呼吸道吸入肺内，引起肺组织化脓性炎症、坏死，最终形成脓肿。厌氧菌是一类在无氧环境中生长繁殖的细菌，广泛存在于口腔、鼻腔、咽喉等部位的正常菌群中，当局部防御功能减弱，如醉酒、麻醉、昏迷等情况下，这些细菌易被吸入肺部引发感染。
除厌氧菌外，原发性肺脓肿也可由需氧菌或兼性厌氧菌引起，如金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、链球菌等，但所占比例较低。临床上，原发性肺脓肿多为厌氧菌与需氧菌的混合感染，但厌氧菌在其中起主导作用。
厌氧菌感染所致的肺脓肿具有一些典型特点，如脓肿多位于肺的低垂部位，且常伴有脓臭痰，这与厌氧菌分解组织产生大量挥发性硫化物有关。明确致病菌对于治疗较为重要，针对厌氧菌的治疗通常遵医嘱首选青霉素等药物，对于耐药菌株或混合感染，可在医生指导下联合使用甲硝唑、克林霉素等药物，以提高疗效，促进脓肿吸收和愈合。
