灌肠可能带来肠道菌群失调、肠黏膜损伤、电解质紊乱、感染风险增加及心理影响等问题。其中肠道菌群失调会使有益菌减少、有害菌增殖致肠道功能紊乱，儿童和有基础肠道疾病者更易受影响；操作不当会引起肠黏膜损伤，儿童和老年患者等更易出现；不当灌肠液或量大会致电解质紊乱，心肾功能不全者和儿童易诱发电解质紊乱；操作环境等不达标会增加感染风险，免疫力低下人群等感染可能性高；灌肠还可能给患者尤其是儿童带来心理创伤影响后续医疗配合。
肠黏膜损伤
操作不当可能引起肠黏膜损伤。比如灌肠时插入肛管的深度、力度不合适，或者灌肠液的温度、压力等不适宜，都可能擦伤肠黏膜。轻者可能导致少量出血、疼痛，重者可能引发肠道感染、穿孔等严重并发症。儿童的肠黏膜相对娇嫩，发生肠黏膜损伤的风险更高；老年患者肠黏膜本身存在一定退行性变，也较易受损。有肠道手术史或肠道脆弱的患者，灌肠时更需格外谨慎，以免加重肠黏膜损伤。
电解质紊乱
大量不保留灌肠时，若使用的灌肠液成分不当或灌肠量过大，可能引起电解质紊乱。例如，使用大量低渗液灌肠，可能导致水分吸收过多进入血液，稀释电解质，引发低钠、低钾等电解质紊乱情况。对于患有心肾功能不全的患者，其自身调节电解质平衡的能力较弱，灌肠更易诱发电解质紊乱；儿童的体液调节功能尚未完善，也容易因灌肠出现电解质紊乱问题。
感染风险增加
灌肠属于侵入性操作，若操作环境不达标、器械消毒不彻底等，会增加感染的风险。可能引起肠道感染、盆腔感染等。对于免疫力低下的人群，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者，灌肠后感染的可能性更高；老年患者免疫力相对较低，也需注意灌肠相关感染问题。儿童免疫力处于发展阶段，感染风险也相对较高。
心理影响
对于一些患者，尤其是儿童，灌肠可能会带来心理创伤，产生恐惧、抵触情绪，进而影响后续的医疗配合。家长在面对儿童灌肠时应给予正确引导和安抚，帮助儿童缓解紧张情绪；医护人员也应在操作过程中尽量轻柔、耐心，减轻患者的心理负担。
