先天性眼球震颤病因复杂，尚未完全明确，可能涉及遗传因素（部分具遗传倾向，某些基因异常可致眼部发育异常，有家族史后代患病风险增）、胚胎发育异常（孕早期受不良因素影响致眼部结构发育异常，如孕妇感染病毒、接触放射性物质等）、神经系统发育问题（控制眼球运动的神经通路等发育障碍致眼球运动调节异常），需综合多方面评估分析明确病因以采取针对性干预。
遗传因素：部分先天性眼球震颤具有遗传倾向，研究发现某些基因的突变或异常可能与先天性眼球震颤的发生相关。例如，一些常染色体显性或隐性遗传方式可能导致眼部发育异常，从而引发眼球震颤。不同性别在遗传易感性上可能存在一定差异，某些特定的遗传突变在男性或女性中的表现可能有所不同，但具体机制仍需进一步深入研究。在有先天性眼球震颤家族史的人群中，后代患病风险相对增加，需要密切关注儿童的眼部发育情况。
胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，如怀孕早期（通常是怀孕前3个月）受到某些不良因素影响，可能导致眼部结构发育异常，进而引起先天性眼球震颤。例如，孕妇感染某些病毒（如风疹病毒等）、接触放射性物质、服用某些致畸药物等，都可能干扰胚胎眼部的正常发育，使得眼球的神经肌肉控制等出现问题，引发眼球震颤。不同生活方式下的孕妇，其胚胎发育受影响的风险不同，例如长期接触有害化学物质的工作环境可能增加胚胎发育异常的几率，孕妇应尽量避免此类高危环境。
神经系统发育问题：先天性眼球震颤可能与神经系统的发育异常有关。从神经生物学角度来看，控制眼球运动的神经通路、神经核团等在发育过程中出现障碍，会影响眼球的正常运动调节。例如，支配眼球运动的神经传导异常、中枢神经系统对眼球运动的调控功能缺陷等，都可能导致眼球震颤的发生。儿童时期神经系统处于不断发育完善的阶段，如果在这个过程中出现发育异常，就可能引发先天性眼球震颤，需要关注儿童神经系统发育的相关指标，如神经反射、运动协调能力等方面的情况。
先天性眼球震颤的具体病因往往需要综合多方面因素进行详细评估和分析，通过全面的眼科检查、遗传学检测、胚胎发育史询问等手段来明确病因，以便采取针对性的干预措施。
