附睾囊肿常见原因包括附睾管阻塞和精液积聚。附睾管阻塞有先天性因素（如附睾管先天性发育异常）和后天性因素（如附睾炎致附睾管黏膜充血水肿阻塞、附睾损伤致管腔阻塞）；精液积聚与性生活不规律（长期禁欲致精液在附睾内积聚）和射精管阻塞（先天性发育异常或精囊、前列腺炎症致射精管周围组织增生粘连阻塞，使精液反流至附睾内积聚）有关，青壮年男性因性生活不规律易受前者影响，中老年男性因前列腺疾病发生率高易受后者中射精管阻塞影响。
先天性因素：部分男性可能存在附睾管先天性发育异常，如附睾管狭窄、闭锁等情况，这会导致附睾管内的液体引流不畅，进而逐渐积聚形成囊肿。例如，在胚胎发育过程中，生殖系统的管道分化出现异常，就可能引发附睾管的结构异常，使得液体潴留形成囊肿，这种情况在儿童及青少年中也可能出现，与先天性的发育缺陷相关。
后天性因素：附睾炎等炎症性疾病是常见的后天性导致附睾管阻塞的原因。附睾炎可由细菌感染引起，如大肠杆菌等致病菌感染附睾后，会引发附睾组织的炎症反应，导致附睾管黏膜充血、水肿，进而造成管腔部分或完全阻塞。另外，附睾部位的损伤，比如阴囊受到外力撞击等，也可能损伤附睾管，引起管腔阻塞，使液体在局部积聚形成囊肿。这种情况在有阴囊外伤史或者附睾炎病史的人群中较为常见，不同年龄阶段都可能发生，男性群体均有患病风险，而有附睾炎病史或阴囊外伤史的人群相对更易出现附睾管阻塞从而导致附睾囊肿。
精液积聚
性生活不规律：长期性生活不规律，如长期禁欲，会导致精液在附睾内积聚。因为正常情况下，精液会随着射精等过程排出体外，若长时间没有射精行为，精液在附睾内不断产生却无法正常排出，就可能使附睾内压力增高，促使附睾管扩张形成囊肿。这种情况在青壮年男性中较为常见，由于工作压力大、生活节奏快等原因，部分男性可能出现性生活不规律的情况，从而增加了附睾囊肿的发生风险。
射精管阻塞：射精管阻塞会使精液排出受阻，导致精液反流至附睾内，引起附睾内精液积聚。射精管阻塞可能是由于先天性的射精管发育异常，也可能是后天性的因素，如精囊炎症、前列腺炎症等引起射精管周围组织的增生、粘连等导致阻塞。例如，慢性前列腺炎患者，炎症可能蔓延至射精管周围，引起射精管的狭窄或阻塞，进而导致精液在附睾内积聚形成囊肿，各年龄段男性都可能发生，但中老年男性由于前列腺疾病的发生率相对较高，相对更易出现这种情况。
