乳糖不耐受会引发胃肠道症状和全身症状，胃肠道症状包括腹泻（摄入乳糖后不久出现黄色或青绿色稀糊便等）、腹胀（肠道细菌发酵未消化乳糖产气体致腹部胀满）、腹痛（肠道气体积聚等致脐周等部位隐痛等）；全身症状有恶心呕吐（胃肠道不适致）、营养不良相关表现（长期严重者儿童生长发育迟缓、成人体重减轻乏力等），不同年龄人群症状有差异，需避免摄入含乳糖食物并调整饮食保证营养均衡。
腹胀：未消化的乳糖在肠道内被肠道细菌发酵，产生大量气体，导致肠道内气体积聚，引起腹胀。患者可感觉腹部胀满不适，儿童可能会表现出频繁哭闹、腹部膨隆等情况，而成人则能明显感受到腹部的饱胀感。比如，相关研究发现乳糖不耐受时肠道细菌发酵未消化乳糖会产生较多气体，从而导致腹胀发生。
腹痛：肠道内气体积聚以及肠道蠕动紊乱等因素可能会引起腹痛。腹痛的程度和性质因人而异，儿童可能难以准确表达疼痛，可能表现为哭闹不安、蜷曲身体等，而成人腹痛可为隐痛、胀痛或绞痛等不同形式，疼痛部位多在腹部脐周等区域。有研究表明乳糖不耐受时肠道的病理生理变化会引发腹痛症状。
全身症状
恶心呕吐：部分乳糖不耐受患者可能会出现恶心、呕吐的症状。这是因为胃肠道的不适反应可能影响到消化道的正常蠕动和消化功能，进而引发恶心，严重时可导致呕吐。儿童可能因胃肠道不适更易出现呕吐情况，而成人也可能发生，例如一些乳糖不耐受患者在摄入乳糖后不久出现恶心，随后可能伴有呕吐现象。
营养不良相关表现：长期严重乳糖不耐受的人群，由于无法充分摄入乳制品中的营养成分，可能会出现营养不良相关表现。儿童可能表现为生长发育迟缓，身高、体重增长速度低于正常水平，因为乳制品是儿童获取钙、蛋白质等营养的重要来源之一；成人可能会出现体重减轻、乏力等情况，长期下去还可能导致贫血等问题，因为钙的缺乏会影响骨骼健康和血液中红细胞的生成等，蛋白质缺乏也会影响身体的正常代谢和功能维持。例如，长期乳糖不耐受的儿童在身高体重测量中可发现明显低于同龄正常儿童，相关研究也证实了乳糖不耐受对儿童生长发育的影响。
不同年龄人群乳糖不耐受症状可能有所不同，儿童由于消化系统发育尚未完全，症状可能相对更为明显和多样；成人乳糖不耐受症状表现相对较复杂，但总体也是以胃肠道及可能的全身营养不良相关表现为主。对于有乳糖不耐受相关症状的人群，应注意避免摄入含乳糖的食物，并根据具体情况调整饮食结构以保证营养均衡。
