沙眼有急性期和慢性期症状，急性期有眼部刺激症状、结膜充血水肿、分泌物增多；慢性期有结膜瘢痕形成、乳头及滤泡增生消退，还可能出现睑内翻及倒睫、角膜混浊、上睑下垂等并发症相关表现。
眼部刺激症状：患者会出现畏光、流泪、异物感等明显的眼部刺激症状。这是因为沙眼衣原体感染眼部结膜后，引起结膜的炎症反应，刺激眼部神经，导致患者出现这些不适。例如，儿童和青少年感染沙眼后，可能会因为眼部的不适而频繁眨眼，影响正常的学习和生活。
结膜充血水肿：急性期时，结膜会明显充血，呈现出鲜红色，同时伴有水肿，使得睑结膜变得肥厚粗糙。在临床上可以观察到睑结膜血管模糊不清，乳头增生等表现。对于有不良用眼习惯或者卫生条件较差的人群，更容易出现这种明显的结膜充血水肿表现。
分泌物增多：患者的眼部分泌物会增多，多为黏液性或者脓性分泌物。在晨起时，常常可以发现眼睑被分泌物黏住，难以睁开。这是由于炎症刺激导致结膜杯状细胞和黏液腺分泌增加所致。
慢性期症状
结膜瘢痕形成：随着病情的发展，进入慢性期后，睑结膜会逐渐出现瘢痕。瘢痕的形成是沙眼的一个特征性表现，早期可能表现为线状、网状，后期会逐渐成为白色条纹状。对于有沙眼病史较长的患者，结膜瘢痕会比较明显。
乳头及滤泡增生消退：急性期的乳头和滤泡增生会逐渐消退，但会遗留瘢痕、Arlt线（睑结膜瘢痕最早出现的部位，为睑板上缘水平的灰白色线状瘢痕）等。儿童患者如果沙眼没有得到及时有效的治疗，慢性期的表现可能会相对隐匿，但仍可通过眼部检查发现相关体征。
并发症相关表现（如果出现并发症）
睑内翻及倒睫：严重的沙眼可引起睑内翻及倒睫，睫毛摩擦角膜，导致角膜混浊、溃疡等。这种情况在年龄较大的患者或者病情较为严重的患者中较为常见。由于睫毛长期摩擦角膜，会影响角膜的透明度，进而影响视力。儿童如果出现睑内翻及倒睫，可能会因为怕光、流泪、眼部疼痛等不适而影响眼部的正常发育。
角膜混浊：当倒睫摩擦角膜时，会引起角膜混浊。如果角膜混浊严重，会明显影响视力。对于有沙眼并发症的患者，需要及时进行干预，否则可能会导致永久性的视力损害。在一些卫生条件较差的地区，沙眼导致角膜混浊进而失明的情况并不少见，这也凸显了早期发现和治疗沙眼的重要性。
上睑下垂：由于沙眼引起的结膜肥厚、瘢痕收缩等，可能会导致上睑下垂。上睑下垂会使患者的眼睑不能正常抬起，影响外观和视力。儿童患者如果出现上睑下垂，可能会影响面部的正常发育和心理状态。
