心肾不交主要有两方面症状，一是心火偏亢相关的失眠多梦、心烦易怒、口舌生疮；二是肾阴亏虚相关的腰膝酸软、头晕耳鸣、潮热盗汗、男子遗精及女子月经不调。
心火偏亢相关症状
失眠多梦：心主神明，肾主藏精，心肾不交时，心火不能下交于肾，肾水不能上济于心，导致心神不宁，从而出现失眠多梦的症状。成年人长期心肾不交可能会出现入睡困难、睡眠浅、易惊醒等情况，儿童若心肾不交也可能影响睡眠质量，表现为夜间睡眠不安稳、频繁翻身等。例如，有研究表明，长期睡眠不佳与心肾不交等中医证型相关，失眠患者中存在心肾不交证型的比例有一定数据体现，说明心肾不交与失眠多梦密切相关。
心烦易怒：心火亢盛，扰动心神，则心情烦躁，容易发怒。不同年龄段的人群均可能出现，成年人在工作压力大、生活不顺等情况下，若存在心肾不交，更易出现心烦易怒的情绪波动；对于儿童，若因先天禀赋不足或后天调养不当导致心肾不交，也可能出现情绪方面的异常，比如比同龄人更易烦躁不安。
口舌生疮：心开窍于舌，心火上炎则口舌生疮。无论是儿童还是成年人，都可能出现口舌部位的溃疡、疼痛等症状，尤其是在心肾不交较为明显时，口舌生疮的情况可能会比较突出。
肾阴亏虚相关症状
腰膝酸软：肾主骨生髓，肾阴亏虚，骨髓失养，则腰膝酸软。成年人随着年龄增长，若存在心肾不交导致肾阴亏虚，更容易出现腰膝酸软的症状，尤其是从事体力劳动或长期久坐的人群；儿童一般较少出现腰膝酸软，但如果存在先天肾气不足且有心肾不交情况，也可能影响骨骼的生长发育相关方面，不过相对少见。
头晕耳鸣：肾开窍于耳，脑为髓海，肾阴不足，髓海空虚，则头晕耳鸣。老年人若心肾不交，肾阴亏虚，出现头晕耳鸣的概率相对较高；年轻人在长期熬夜、过度劳累等不良生活方式影响下，也可能因心肾不交出现头晕耳鸣，影响日常生活和工作学习。
潮热盗汗：肾阴亏虚，虚热内生，则出现潮热盗汗的症状。即午后或夜间有低热，像潮水一样定时发热，同时睡眠中出汗，醒后汗止。不同年龄段均可出现，成年人在更年期等特殊生理阶段，若心肾不交导致肾阴亏虚，潮热盗汗的症状可能会比较明显；儿童相对较少出现，但如果有严重的心肾不交且肾阴亏虚情况，也可能出现类似表现，但需要结合具体个体情况分析。
男子遗精，女子月经不调：对于成年男性，肾阴亏虚，心肾不交，可能会出现遗精的情况；成年女性则可能出现月经不调，如月经量少、经期紊乱等，这是因为肾与生殖系统密切相关，心肾不交影响肾的功能，进而影响生殖相关的生理活动。
