慢性结肠炎导致便秘的机制包括肠道蠕动功能异常，炎症影响肠道神经丛致蠕动迟缓；肠道吸收功能改变，炎症使肠道水分吸收过多致粪便干结；肠道菌群失调，有益菌减少、有害菌增多致肠道功能受影响、蠕动减慢、大便停留时间延长而引发便秘，且不同年龄段人群受影响情况有差异，生活方式也会产生影响。
慢性结肠炎会引起肠道黏膜的炎症反应，炎症可影响肠道神经丛的正常功能，肠道神经丛对于调节肠道蠕动起着关键作用。当神经丛受到炎症刺激时，肠道蠕动会变得迟缓。例如，有研究表明，在慢性结肠炎患者中，肠道平滑肌的收缩频率和强度降低，使得肠内容物在肠道内的传输速度减慢，从而容易导致便秘。不同年龄段的人群，肠道本身的功能状态有所不同，老年人肠道蠕动本就相对较弱，若合并慢性结肠炎，便秘的发生风险可能更高；儿童时期肠道功能尚在发育中，慢性结肠炎对其肠道蠕动的影响也可能导致排便异常，但相对较少见。
肠道吸收功能改变
炎症影响肠道对水分和电解质的正常吸收。正常情况下，肠道会适当吸收肠内容物中的水分，使粪便保持一定的硬度和形状以便顺利排出。然而，慢性结肠炎患者肠道的吸收功能紊乱，水分吸收过多，导致粪便干结，难以排出，进而引发便秘。性别方面，一般没有明显的性别差异导致这种吸收功能改变，但不同生活方式下，如饮食中水分摄入不足等情况，会加重因吸收功能改变带来的便秘问题。有慢性结肠炎病史的人群，更需要关注自身的水分摄入情况，以维持肠道正常的吸收和排便功能。
肠道菌群失调
慢性结肠炎常伴随肠道菌群失调，原本肠道内有益菌的数量减少，有害菌增多。有益菌有助于维持肠道正常的消化和排便功能，比如一些有益菌可以产生短链脂肪酸等物质，促进肠道蠕动。当有益菌减少时，肠道的正常生理功能受到影响，肠道蠕动减慢，大便在肠道内停留时间延长，水分进一步被吸收，从而引发便秘。不同年龄阶段人群的肠道菌群组成不同，婴幼儿肠道菌群尚未完全建立，慢性结肠炎对其菌群的影响可能更为显著；老年人肠道菌群本身处于衰退状态，合并慢性结肠炎后菌群失调会更加严重。生活方式中，长期使用抗生素等情况会破坏肠道菌群平衡，对于有慢性结肠炎病史的人来说，更要注意避免滥用抗生素等可能导致菌群失调的因素。
