灰指甲致病原因包括皮肤癣菌为主引发，还有非皮肤癣菌病原体感染，免疫功能低下人群易患，长期潮湿环境等环境因素易诱发，指甲外伤致屏障受损易让真菌侵入，与他人共用公共用品接触污染物会增加感染风险。
一、皮肤癣菌感染为主因
灰指甲最常见的致病原因是皮肤癣菌感染，其中红色毛癣菌是引发灰指甲的主要皮肤癣菌之一，约占临床病例的60%-70%（相关研究表明，皮肤癣菌可通过破坏指甲的角质层结构，侵入甲床并繁殖，逐渐导致指甲出现变色、增厚、变形等灰指甲典型症状）。
二、非皮肤癣菌病原体感染
除皮肤癣菌外，某些霉菌、酵母菌等非皮肤癣菌病原体也可引发灰指甲。例如，念珠菌属中的白念珠菌可感染指甲，尤其在免疫功能相对低下人群中更易导致灰指甲发生，其感染机制是该病原体在指甲局部环境中增殖，破坏指甲的正常结构与功能。
三、免疫功能因素影响
免疫功能低下人群易患灰指甲。比如糖尿病患者，由于其血糖水平长期处于较高状态，机体免疫防御功能受影响，更易受到真菌的侵袭而引发灰指甲；艾滋病患者因免疫系统严重受损，对各种病原体的抵御能力大幅下降，感染灰指甲的风险显著增加。
四、环境因素作用
长期处于潮湿环境易诱发灰指甲。例如，经常穿不透气的鞋子，会使足部处于闷热潮湿的环境，为真菌的生长繁殖提供了有利条件；足部多汗人群，汗液会增加局部湿度，也利于皮肤癣菌等病原体滋生，从而增加患灰指甲的几率。
五、指甲外伤影响
指甲受到外伤后，指甲的屏障功能受损，真菌更容易侵入甲下组织。比如频繁美甲、踢足球等导致指甲受伤的情况，都可能使真菌有可乘之机，进而引发灰指甲。
六、公共用品接触因素
与他人共用拖鞋、毛巾、脚盆等公共用品时，容易接触到带有真菌的污染物，从而增加感染灰指甲的风险。因为这些公共用品可能被已患灰指甲者的真菌污染，健康人接触后若指甲有细微破损，就可能感染真菌引发灰指甲。
