孕初期孕酮低的原因包括胚胎因素、母体因素和其他因素。胚胎因素中约50%-60%早期自然流产与胚胎染色体异常致孕酮分泌受影响有关；母体因素有内分泌系统异常（卵巢功能不佳、甲状腺功能异常）、全身性疾病（慢性疾病）、生活方式因素（过度劳累、吸烟饮酒）；其他因素有子宫因素，子宫畸形等可能影响孕酮分泌。
一、胚胎因素
孕初期孕酮低可能与胚胎自身有关，若胚胎染色体异常，会影响胎盘的正常发育，进而影响孕酮的分泌。这种情况在自然流产中占比较高，约50%-60%的早期自然流产与胚胎染色体异常相关。
二、母体因素
1.内分泌系统异常
卵巢功能不佳：女性卵巢是分泌孕酮的重要器官，如果卵巢本身功能存在问题，比如卵巢储备功能下降，会影响孕酮的合成。例如，一些患有多囊卵巢综合征的女性，其卵巢的内分泌功能紊乱，常伴有孕酮水平偏低的情况。
甲状腺功能异常：甲状腺与内分泌系统密切相关，甲状腺功能减退时，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，从而导致孕酮分泌不足。有研究表明，甲状腺功能减退的孕妇中孕酮低的发生率相对较高。
2.全身性疾病
慢性疾病：像糖尿病患者，若血糖控制不佳，会影响身体的代谢等多方面功能，可能干扰孕酮的正常代谢和分泌。一些患有自身免疫性疾病的孕妇，自身免疫系统攻击相关组织，也可能影响孕酮的分泌情况。
3.生活方式因素
过度劳累：孕初期如果孕妇过度劳累，身体处于应激状态，可能会影响内分泌的平衡，导致孕酮分泌异常。例如长期从事重体力劳动或者经常熬夜的孕妇，孕酮低的风险相对增加。
吸烟饮酒：孕妇吸烟饮酒会对身体产生多种不良影响，烟草中的尼古丁等成分以及酒精都会干扰内分泌系统，影响孕酮的分泌。有研究发现，吸烟孕妇的孕酮水平往往低于不吸烟孕妇。
三、其他因素
子宫因素：子宫的环境对胚胎的发育很重要，若子宫存在畸形等情况，可能会影响胚胎的着床和发育，进而影响孕酮的分泌。例如子宫纵隔的孕妇，孕初期孕酮低的概率可能相对较高。
