急性腹泻的病因包括感染性和非感染性。感染性病因有病毒（轮状病毒、诺如病毒等）、细菌（大肠埃希菌、沙门菌、志贺菌等）、寄生虫（溶组织内阿米巴、蓝氏贾第鞭毛虫等）感染；非感染性病因有饮食（喂养不当、食用生冷油腻刺激性食物等）、药物（抗生素、化疗药物等）、其他（腹部受凉、全身性疾病、过敏食物等）因素。
细菌感染：大肠埃希菌是常见的引起急性腹泻的细菌，其中产肠毒素性大肠埃希菌可通过产生肠毒素导致肠道分泌增加，引起腹泻。沙门菌感染也较为多见，患者食用被沙门菌污染的食物后，短时间内即可出现腹泻、腹痛、发热等症状。志贺菌感染可引起细菌性痢疾，主要表现为黏液脓血便、腹痛、里急后重等，具有一定的传染性。
寄生虫感染：溶组织内阿米巴可引起阿米巴痢疾，导致患者出现腹泻、腹痛，粪便多为暗红色果酱样。蓝氏贾第鞭毛虫感染也可引起急性或慢性腹泻，在旅游者中较为常见，与食用被污染的水源有关。
非感染性病因
饮食因素：婴幼儿若喂养不当，如过早添加辅食、食物种类改变过快或过多，可能引起消化功能紊乱导致腹泻。成人短时间内大量食用生冷、油腻、刺激性食物，也可刺激肠道，引起肠道蠕动加快，出现急性腹泻。例如，一次性进食过多的冰镇食物，可能导致胃肠道功能失调引发腹泻。
药物因素：某些药物可引起急性腹泻不良反应，如抗生素的使用，长期或不规范使用抗生素可导致肠道菌群失调，引起抗生素相关性腹泻。例如，广谱抗生素的使用可能破坏肠道正常菌群的平衡，使得一些条件致病菌大量繁殖，从而引发腹泻。另外，化疗药物也可能影响肠道黏膜的正常功能，导致腹泻发生。
其他因素：腹部受凉可使肠道蠕动增加，引起腹泻。对于儿童来说，腹部保暖不当更容易出现这种情况。一些全身性疾病，如甲状腺功能亢进症，由于胃肠蠕动加快，也可能导致急性腹泻发作。此外，过敏体质的人食用某些过敏食物后，也可能出现肠道过敏反应，表现为急性腹泻。例如，对牛奶蛋白过敏的婴幼儿，食用含牛奶蛋白的配方奶后可能很快出现腹泻症状。
